Predloga:Infopolje Bio podatkovna baza

Iz Wikipedije, proste enciklopedije
Jump to navigation Jump to search
Documentation icon Dokumentacija predloge[predogled] [uredi] [zgodovina] [osveži]

Infopolje se uporablja za opis biološke podatkovne baze.

Prosimo, da ne pozabite dodati članek v Kategorija:Biološke podatkovne zbirke .

Polja[uredi kodo]

Vsebina[uredi kodo]

  • title: naslov, npr. FusariumDB
  • description:kratek opis npr.: Kiber infrastruktura za Fusarium
  • scope: Področje, kot na primer: nukleotidno zaporedje, zaporedje RNK, beljakovinsko zaporedje, struktura, genomika (nevretenčarji), presnovne in signalne poti, človeški genom in genomi drugih vretenčarjev, človeški geni in bolezni, podatki mikromrež in drugih genskih izrazov, proteomski resursi, ostala molekularna biologija, organela, rastlina, imunološko ......
  • organism: eden ali več organizmov, značilni za to bazo podatkov

Kontakt[uredi kodo]

  • center ali centre: raziskovalni center npr NCBI - nacionalni center za biotehnološke informacije
  • laboratory: laboratorij
  • author: avtor(ji) te baze podatkov
  • citation: glavni citat za članek, ki bazo podatkov opisuje (kot alternativa se lahko uporabi pmid= za PubMed ID, vendar ne uporabiti obeh možnosti)
  • pmid: PMID za članek, ki bazo podatkov opisuje (kot alternativa se lahko uporabi citation=, vendar ne uporabiti obeh možnosti)
  • released: datum objave

Dostop[uredi kodo]

  • standard: MIji, formati za podatke
  • format: formati za podatke
  • sql: če je baza podatkov dostopna kot javni strežnik SQL(koristna možnost je URL za dokumentacijo o bazi podatkov)
  • webservice: če za bazo podatkov obstaja web service (recimo kot URL, ki kaže na datoteko WSDL).
  • sparql: sparql končna točka/točke, če obstaja(jo)
  • download: področje za prenose, FTP naslov...

Orodja[uredi kodo]

  • webapp: Web aplikacija(e)
  • standalone: Ssamostojno orodje(a)

Razno[uredi kodo]

  • versioning: stališče glede različic/dostopa do zastarelih podatkov
  • license: licenca za podatke.
  • frequency: pogostnost obnavljanja podatkov
  • curation: stališče glede kuratiranja
  • version: različica objave
  • bookmark: Postavko je mogoče v tej bazi podatkov zaznamovati (http metoda GET)

Model[uredi kodo]

{{Infopolje Bio podatkovna baza
|title =
|logo =
|description = 
|scope = 
|organism = 
|center = 
|laboratory = 
|author = 
|citation = 
|released = 
|standard = 
|format = 
|url = 
|download = 
|webservice = 
|sql = 
|sparql = 
|webapp = 
|standalone = 
|license = 
|versioning = 
|frequency = 
|curation = 
|bookmark =
|version =
}}

Zgled[uredi kodo]

GenBank
US-NLM-NCBI-Logo.svg
Vsebina
OpisGenBank, baza podatkov NIH o genskih zaporedjih
Tipi zajetih
podatkov
nukleotidno zaporedje, proteinsko zaporedje
Organizmivsi
Kontakt
Raziskovalni centerNCBI - nacionalni center za biotehnološke informacije
Glavni citatPubMed
Dostop
Formati podatkovXML
ASN.1
Genbank format
Spletna stranNCBI
URL za prenosncbi ftp
Web service URLeutils
soap
Orodja
WebBLAST
SamostojnoBLAST
Razno
Licencalicenca za javno domeno - vlada ZDA
Zaznamovanje
postavk
da
{{Infopolje Bio podatkovna baza
| title = [[GenBank]]
| author =
| center = [[National Center for Biotechnology Information|NCBI]]
| organism = vsi
| description = GenBank, baza podatkov NIH o genskih zaporedjih 
| scope = nukleotidno zaporedje, proteinsko zaporedje
| url = [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ NCBI]
| download = [ftp://ftp.ncbi.nih.gov/ ncbi ftp]
| webservice = [http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/ eutils]<br/>
               [http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/soap/v2.0/eutils.wsdl soap]
| license = licenca za javno domeno - vlada ZDA
| pmid = 21071399
| logo = [[File:US-NLM-NCBI-Logo.svg|60px]]
| standalone=[[BLAST]]
| webapp=[[BLAST]]
| format= [[XML]]<br/>[[ASN.1]]<br/>Genbank format
| bookmark=da
}}

Sledilne kategorije[uredi kodo]