ChEMBL

Iz Wikipedije, proste enciklopedije
Jump to navigation Jump to search
ChEMBL
Chembl logo.png
Vsebina
OpisBiološka podatkovna zbirka
Tipi zajetih
podatkov
Molekule z drogam podobnimi lastnostmi in biološko aktivnostjo
Kontakt
Raziskovalni centerEvropski lagoratorij za molekularno biologijo
LaboratorijZdruženo kraljestvo Velike Britanije in Severne Irske Evtopski institut za bioinformatiko
Avtorji• John Overington, vodja skupine 2008-2015
• Andrew Leach, vodja skupine 2016-danes
Glavni citatPubMed
Datum objave2009
Dostop
Spletna stranChEMBL
URL za prenosDownloads
Web service URLChEMBL Webservices
Sparql dostopna točkaChEMBL EBI-RDF Platform
Razno
LicencaPodatki iz ChEMBL so dostopni na Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0
Označevanje verzijChEMBL_28

ChEMBL ali ChEMBLdb je ročno vodena zbirka podatkov o bioaktivnih molekulah z drogam podobnimi lastnostmi.[1] Vzdržuje jo Evropski institut za bioinformatiko (EBI) Evropskega laboratorija za molekularno biologijo (EMBL) s sedežem v Wellcome Trust Genome Campusu, Hinxton, Združeno kraljestvo.

Zbirko podatkov, prvotno znano kot StARlite, je razvila družba za biotehnologijo Inpharmatica Ltd., ki jo je kasneje prevzel Galapagos NV. EMBL je bazo podatkov kupila 2008 s finančno pomočjo Wellcome Trusta, kar je privedlo do formiranja ChEMBL na EBI,[1][2] ki ga vodi John Overington.[3][4]

Obseg in dostopnost[uredi | uredi kodo]

Zbirka podatkov ChEMBL vsebuje podatke o biološki aktivnosti snovi glede na medicinske namene. Biološka aktivnost se izraža s Ki, Kd, IC50 in EC50.[5] Podatke je mogoče filtrirati in analizirati, da se razvijejo knjižnice snovi za prepoznavanje med odkrivanjem zdravil.[6]

Druga verzija ChEMBL (ChEMBL_02), objavljena januarja 2010, je vsebovala 2,4 millijona meritev 622.824 spojin, vključno s 24.000 naravnimi produkti. Podatki so bili zbrani iz 34.000 člankov iz dvanajstih revij s področja medicinske kemije. Verzija ChEMBL_08, objavljena isto leto, je vsebovala že 2,97 milijona meritev na 636.269 pojinah.[7] Število podatkov je od takrat tako naraslo, da je postala najobširnejša javno dostopna zbirka podatkov.[4]

ChEMBLdb je dostopna preko spletnega vmesnika ali se prenese s protokolom za prenos datotek. Oblikovana je na način, primeren za računalniško rudarjenje podatkov, in poskuša standardizirati dejavnosti med različnimi publikacijami, da bi se omogočila primerjalna analiza-[1] ChEMBL je vključena tudi v druge obsežne kemijske vire, vključno s PubChem in sistemom ChemSpider Kraljevega kemijskega društva.

Sklici[uredi | uredi kodo]

  1. 1,0 1,1 1,2 Gaulton, A; et al. (2011). "ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery". Nucleic Acids Research. 40 (Database issue): D1100-7. doi:10.1093/nar/gkr777. PMC 3245175. PMID 21948594.
  2. "Open access drug discovery database launches with half a million compounds | Wellcome". wellcome.ac.uk. 18. januarja 2010. Pridobljeno dne 31. avgusta 2019.
  3. Bender, A (2010). "Databases: Compound bioactivities go public". Nature Chemical Biology. 6 (5): 309. doi:10.1038/nchembio.354.
  4. 4,0 4,1 Overington J (april 2009). "ChEMBL. An interview with John Overington, team leader, chemogenomics at the European Bioinformatics Institute Outstation of the European Molecular Biology Laboratory (EMBL-EBI). Interview by Wendy A. Warr". J. Comput.-Aided Mol. Des. 23 (4): 195–8. Bibcode:2009JCAMD..23..195W. doi:10.1007/s10822-009-9260-9. PMID 19194660.
  5. Mok, N. Yi; Brenk, Ruth (24. oktober 2011). "Mining the ChEMBL Database: An Efficient Chemoinformatics Workflow for Assembling an Ion Channel-Focused Screening Library". J. Chem. Inf. Model. 51 (10): 2449–2454. doi:10.1021/ci200260t.PMC 3200031. PMID 21978256.
  6. Brenk, R; Schinpani, A; James, D; Krasowski, A (Mar 2008). "Lessons learnt from assembling screening libraries for drug discovery for neglected diseases". ChemMedChem. 3 (3): 435–44. doi: 10.1002/cmdc.200700139. PMC 2628535.PMID 18064617.
  7. ChEMBL-og (15. november 2010). ChEMBL_08. Released. Pridobljeno 15. novembra 2010.