Uporabnik:TadejM/Prevod1

Iz Wikipedije, proste enciklopedije
Jump to navigation Jump to search
Pozitivne, negativne in nevtralne mutacije v razvoju koronavirusov, kakršen je SARS-CoV-2

Koronavirus hudega akutnega respiratornega sindroma (SARS-CoV-2), virus, ki povzroča koronavirusno bolezen 2019 (COVID-19), ima številne različice; nekatere so ali naj bi bile posebno pomembne zaradi možnosti povečanega prenašanja,[1] povečane virulence ali zmanjšane učinkovitosti cepiv proti njim.[2][3] Ta članek opisuje pomembne različice virusa SARS-CoV-2 in pomembne drugačnosmiselne mutacije v teh različicah.

Pregled[uredi | uredi kodo]

Čeprav je virus SARS-CoV-2 morda nastal z rekombinacijo med koronavirusom netopirjev, podobnim SARS-u, in koronavirusom mravljinčarjev (z medvrstnim prenosom),[4], so imele pomembno vlogo pri razvoju in pojavu novih različic virusa SARS-CoV-2 mutacije.[1]

Za različico, ki je bila na Kitajskem najprej vzorčena in prepoznana, raziskovalci menijo, da se od predniškega genoma razlikuje "po treh variantah".[5][6] Naknadno so se razvile številne linije virusa SARS-CoV-2.[7]

Sodobno sekvenciranje DNA, če je na voljo, omogoča hitro zaznavanje (včasih imenovano "zaznavanje v realnem času') genetskih različic, ki so se v patogenih pojavile med izbruhi bolezni.[8] Z uporabo programja za prikaz filogenetskih dreves je mogoče zapise genomskega zaporedja razvrščati v skupine identičnih genomov, ki vse vsebujejo enak nabor mutacij. Vsaka skupina predstavlja "različico", "klad" ali "linijo", primerjava med zaporedji pa omogoča določitev razvojne poti virusa. Za virus SARS-CoV-2 je bilo v molekularnoepidemioloških študijah po svetu ustvarjenih več kot 330.000 virusnih genomskih zaporedij.[9]

Virus SARS-CoV-2 se razvija tako, da se čedalje lažje prenaša. Različici alfa in delta se tako prenašata lažje kot izvorni virus, ki je bil prepoznan v Vuhanu na Kitajskem..[10]

V naslednji preglednici so predstavljeni informacije in tveganja za različice, pri katerih je tveganje povečano ali morda povečano.[11][12][13][14][15][16][17][18] Če ni drugače navedeneo, se predpostavlja 95-odstotni interval zaupanja ali verodostojnosti. Trenutno so zaradi omejene razpoložljivosti podatkov za študije vse ocene približki.

Stopnja relativnega tveganja:[19]   zelo veliko   veliko   srednje   majhno   neznano.

Identifikacija[20] Pojav Spremembe v primerjavi s predhodno krožečimi različicami glede na čas in kraj pojava Zanesljivost testiranja Aktivnost nevtralizirajočih protiteles (ali učinkovitost, če je podatek na voljo)
Oznaka SZO Linija PANGO Različica PHE[A] Klad Nextstrain Prvi izbruh Najzgodnejši vzorec[20] Označena zaskrbljujoča različica Pomembne mutacije Nalezljivost Hospitalizacija Smrtnost Po naravni okužbi (tveganje za ponovno okužbo) Po cepljenju Monoklonska protitelesa[12]
Alfa B.1.1.7 VOC‑20DEC‑01 20I (V1) Združeno kraljestvo 20 sep 2020[21] 18 dec 2020[22] 69–70del, N501Y, P681H[23][24] +82% (43130%)[B] +52% (4757%)[C] +59% (4474%)[C] Brez spremembe[14] Minimalno zmanjšanje[12] Minimalno zmanjšanje[12] Brez spremembe
Beta B.1.351 VOC‑20DEC‑02 20H (V2) Južna Afrika maj 2020 14 jan 2021[27] K417N, E484K, N501Y[23] +52% (4658%)[D] V proučevanju Morda večja[14][30] Brez spremembe[14] Manjša, ohranjen učinkovit T-celični odziv na virus D614G[12][30] Manjša učinkovitost pri številnih[E] Ohranjena pri nekaterih
Gama P.1 VOC‑21JAN‑02 20J (V3) Brazilija nov 2020 15 jan 2021[31][32] K417T, E484K, N501Y[23] +161% (145176%)[G] Morda večja[30] +50% (50 % IV, 2090%)[F][I] Brez spremembe[14] Manjša[12] Ohranjena pri številnih[J] Ohranjena pri nekaterih
Alfa[K] B.1.1.7 with E484K[36] VOC‑21FEB‑02 20I (V1) Združeno kraljestvo 26 jan 2021[37] 5 feb 2021[38] 69–70del, E484K, N501Y, P681H[23][24] +82% (43130%)[L][B] +52% (4757%)[L][C] +59% (4474%)[L][C] Brez spremembe[L] Pomembno manjša[39] Pomembno manjša[39] Ohranjena pri nekaterih[39]
Epsilon B.1.429, B.1.427 21C Združeno kraljestvo mar 2020 17 mar 2021[40] L452R[23] +20% (19%–24%)[M] V proučevanju V proučevanju Brez spremembe[43] Nekoliko manjša[N] Nekoliko manjša[N] Manjša pri nekaterih, neznan pomen
Delta B.1.617.2 VOC‑21APR‑02 21A Indija okt 2020 6 maj 2021[45] L452R, T478K, P681R[46] +64% (26113%) glede na alfo[O] +85% (39147%) glede na alfo[P] V proučevanju Brez opažene spremembe[30] Manjša[50][51] Minimalno zmanjšanje učinkoviosti[30][52][Q] Ohranjena pri nekaterih[51]
Kapa B.1.617.1 VUI‑21APR‑01 21B Indija okt 2020 L452R, E484Q, P681R[53] V proučevanju V proučevanju V proučevanju V proučevanju Rahlo manjša[50] Rahlo manjša[50] Morda manjša
Eta B.1.525 VUI‑21FEB‑03 21D Nigerija 11 dec 2020[54][55] E484K, F888L[57] V proučevanju V proučevanju V proučevanju V proučevanju Morda manjša[12] Morda manjša[12] Morda manjša
  1. Marca 2021 je bila oblika imena posodobljena, tako da se leto zapisuje 2-mestno namesto 4-mestno, mesec pa 3-mestno namesto 2-mestno, npr. VOC-202101-02 namesto VOC-21JAN-02.[13]
  2. 2,0 2,1 1. marec – 24. december 2020, Anglija.[25]
  3. 3,0 3,1 3,2 3,3 23. november 2020 – 31. januar 2021, Anglija.[26]
  4. 1. avgust – 31. december 2020, Združeno kraljestvo.[28] Še ena študija je pokazala +50% (20113%) v obdobju od maja do novembra 2020 v Južni Afriki.[29]
  5. Razen za Moderno in Johnson & Johnson.[14][30]
  6. 6,0 6,1 Objavljeni interval zaupanja ali verodostojnosti ima majhno verjetnost, zato je mogoče ocenjeno vrednost razumeti samo kot mogočo, ne pa kot zanesljivo ali verjetno.
  7. 1. november 2020 – 31. januar 2021, Manaus.[33] Še ena študija v Manausu je pokazala, da se različica P.1 morda za 100% (50 % IV, 70140%)[F] lažje prenaša.[34]
  8. 8,0 8,1 Razlike so lahko posledica razlik v politiki in ukrepanju na posameznem proučevanem območju ob različnem času, zmogljivosti lokalnega zdravstvenega sistema ali različic, ki so se širile ob času in na kraju študije.
  9. Marec 2020 – februar 2021, Manaus.[34] Predhodni rezultati študije v Južni regiji Brazilije so pokazali, da različica P.1 močno poveča smrtnost pri zdravih mladih ljudeh. V skupinah brez predhodnih bolezni je ta različica v skupini moških, starih od 20 do 39 let, povečala umrljivost za 490% (220985%), v skupini žensk, starih od 20 do 39 let, za 465% (1901003%) in v skupini žensk, starih od 40 do 59 let, za 670% (4011083%).[35][H]
  10. Razen Pfizer–BioNTech.[14]
  11. Različica B.1.1.7 z mutacijo E484K ni prejela oznake SZO; tu je navedena z enako oznako kot starševska različica B.1.1.7
  12. 12,0 12,1 12,2 12,3 Domnevno ista kot različica alfa.[15]
  13. September 2020 – januar 2021, Kalifornija.[12][41] Prevladala je različica alfa.[42]
  14. 14,0 14,1 1. september 2020 in 29. januar, Kalifornija.[44]
  15. 18. marec – 17. maj 2021, Anglija.[47] Še ena preliminarna študija na Japonskem je pokazala, da je različica delta samo za 23 odstotkov bolj nalezljiva od različice alfa.[48][H]
  16. 1. april – 6. junij 2021, Škotska.[49]
  17. Nekoliko manjša nevtralizacija pri cepivu Covaxin.[50]

Opombe[uredi | uredi kodo]

Napaka pri navajanju: Sklic definiran v seznamu z imenom skupine "lower-alpha" ni uporabljen v vsebini (glej stran pomoči).

Sklici[uredi | uredi kodo]

  1. 1,0 1,1 Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George; Wong, Gary; Kobinger, Gary (2021). "Mutation Signatures and In Silico Docking of Novel SARS-CoV-2 Variants of Concern". Microorganisms. 9 (5): 926. doi:10.3390/microorganisms9050926. PMC 8146828 Preveri |pmc=vrednost (pomoč). PMID 33925854 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  2. "Coronavirus variants and mutations: The science explained". BBC News (angleščina). 2021-01-06. Pridobljeno dne 2021-02-02.
  3. Kupferschmidt K (15 January 2021). "New coronavirus variants could cause more reinfections, require updated vaccines". Science. doi:10.1126/science.abg6028. Pridobljeno dne 2021-02-02.
  4. Shahhosseini, Nariman; Wong, Gary; Kobinger, Gary; Chinikar, Sadegh (2021). "SARS-CoV-2 spillover transmission due to recombination event". Gene Reports. 23: 101045. doi:10.1016/j.genrep.2021.101045. PMC 7884226. PMID 33615041 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  5. Kumar, Sudhir; Tao, Qiqing; Weaver, Steven; Sanderford, Maxwell; Caraballo-Ortiz, Marcos A; Sharma, Sudip; et al. (2021). "An evolutionary portrait of the progenitor SARS-CoV-2 and its dominant offshoots in COVID-19 pandemic". Molecular Biology and Evolution. doi:10.1093/molbev/msab118. PMC 8135569 Preveri |pmc=vrednost (pomoč). PMID 33942847 Preveri |pmid= vrednost (pomoč). Pridobljeno dne May 10, 2020.
  6. "The ancestor of SARS-CoV-2's Wuhan strain was circulating in late October 2019". News Medical. Pridobljeno dne May 10, 2020. Journal reference: Kumar, S. et al. (2021). An evolutionary portrait...
  7. "Lineage descriptions". cov-lineages.org. Pango team.
  8. Yurkovetskiy, Leonid; Wang, Xue; Pascal, Kristen E.; Tomkins-Tinch, Christopher; Nyalile, Thomas P.; Wang, Yetao; et al. (October 2020). "Structural and Functional Analysis of the D614G SARS-CoV-2 Spike Protein Variant". Cell. 183 (3): 739–751.e8. doi:10.1016/j.cell.2020.09.032. PMC 7492024. PMID 32991842.
  9. Thomson, Emma C.; Rosen, Laura E.; Shepherd, James G.; Spreafico, Roberto; da Silva Filipe, Ana; Wojcechowskyj, Jason A.; et al. (March 2021). "Circulating SARS-CoV-2 spike N439K variants maintain fitness while evading antibody-mediated immunity". Cell. 184 (5): 1171–1187.e20. doi:10.1016/j.cell.2021.01.037. PMC 7843029. PMID 33621484 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  10. Covid: Is there a limit to how much worse variants can get? BBC
  11. "Tracking SARS-CoV-2 variants". who.int (angleščina). World Health Organization. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 2021-06-18.
  12. 12,0 12,1 12,2 12,3 12,4 12,5 12,6 12,7 12,8 "SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions". CDC.gov. Centers for Disease Control and Prevention. 11 February 2020.
  13. 13,0 13,1 "Variants: distribution of cases data". GOV.UK. Government Digital Service. Public Health England.
  14. 14,0 14,1 14,2 14,3 14,4 14,5 14,6 "Living Evidence – SARS-CoV-2 variants". Agency for Clinical Innovation. nsw.gov.au. Ministry of Health (New South Wales). 22 June 2021.
  15. 15,0 15,1 "SARS-CoV-2 variants of concern". ECDC.eu. European Centre for Disease Prevention and Control.
  16. "Coronavirus Disease (COVID-19) Situation Reports". who.int. World Health Organization.
  17. "Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern: technical briefings". GOV.UK. Government Digital Service. Public Health England.
  18. "Investigation of SARS-CoV-2 variants of concern: variant risk assessments". GOV.UK. Government Digital Service. Public Health England.
  19. "SARS-CoV-2 variants: risk assessment framework" (PDF). GOV.UK. Government Digital Service. Public Health England. 2021-05-22. GOV-8426.
  20. 20,0 20,1 Predloga:Cite techreport
  21. Rambaut A, Loman N, Pybus O, Barclay W, Barrett J, Carabelli A, et al. (2020-12-18). "Preliminary genomic characterisation of an emergent SARS-CoV-2 lineage in the UK defined by a novel set of spike mutations". Virological. Pridobljeno dne 2021-06-14.
  22. Predloga:Cite techreport
  23. 23,0 23,1 23,2 23,3 23,4 "Emerging SARS-CoV-2 Variants". CDC.gov (Science brief). Centers for Disease Control and Prevention. 2021-01-28. Pridobljeno dne 2021-01-04. Citiran članek vsebuje besedilo, ki je v javni lasti.
  24. 24,0 24,1 Chand et al. (2020), str. 6, Potential impact of spike variant N501Y.
  25. Davies NG, Abbott S, Barnard RC, Jarvis CI, Kucharski AJ, Munday JD; et al. (2021). "Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England". Science. 372 (6538): eabg3055. doi:10.1126/science.abg3055. PMC 8128288 Preveri |pmc=vrednost (pomoč). PMID 33658326 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).CS1 vzdrževanje: Večkratna imena: authors list (link)
  26. Nyberg T, Twohig KA, Harris RJ, Seaman SR, Flannagan J, Allen H, et al. (2021-06-15). "Risk of hospital admission for patients with SARS-CoV-2 variant B.1.1.7: cohort analysis". BMJ. 373: n1412. doi:10.1136/bmj.n1412. ISSN 1756-1833. PMID 34130987 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  27. Predloga:Cite techreport
  28. Zhao S, Lou J, Cao L, Zheng H, Chong MK, Chen Z, et al. (2021-01-28). "Quantifying the transmission advantage associated with N501Y substitution of SARS-CoV-2 in the UK: an early data-driven analysis". Journal of Travel Medicine. 28 (2). doi:10.1093/jtm/taab011. ISSN 1195-1982. PMC 7928809. PMID 33506254 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  29. Napaka pri navajanju: Neveljavna oznaka <ref>; sklici poimenovani ECDC1 ne vsebujejo besedila (glej stran pomoči).
  30. 30,0 30,1 30,2 30,3 30,4 30,5 Predloga:Cite techreport
  31. "Confirmed cases of COVID-19 variants identified in UK". Friday 15 January: GOV.UK. Public Health England. 2021-01-15.CS1 vzdrževanje: location (link)
  32. Predloga:Cite techreport
  33. "Model-based estimation of transmissibility and reinfection of SARS-CoV-2 P.1 variant". medRxiv: 9. 2021-03-23. doi:10.1101/2021.03.03.21252706 . https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.03.03.21252706v3. Pridobljeno 2021-04-29. "The new variant was found to be about 2.6 times more transmissible (95% Confidence Interval (CI): 2.4–2.8) than previous circulating variant(s). ... Table 1: Summary of the fitted parameters and respective confidence intervals considering the entire period, November 1, 2020-January 31, 2021 maintaining the same pathogenicity of the previous variant. Parameter: Relative transmission rate for the new variant. Estimate: 2.61. 2.5%: 2.45. 97.5%: 2.76.". 
  34. 34,0 34,1 Napaka pri navajanju: Neveljavna oznaka <ref>; sklici poimenovani cadde-p1 ne vsebujejo besedila (glej stran pomoči).
  35. "The increase in the risk of severity and fatality rate of covid-19 in southern Brazil after the emergence of the Variant of Concern (VOC) SARS-CoV-2 P.1 was greater among young adults without pre-existing risk conditions". medRxiv. 2021-04-19. doi:10.1101/2021.04.13.21255281 . https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.04.13.21255281v1. "Female 20 to 39 years old, with no pre-existing risk conditions, were at risk of death 5.65 times higher in February (95% CI, 2.9-11.03; p <0.0001) and in the age group of 40 and 59 years old, this risk was 7.7 times higher (95% CI, 5.01-11.83; p <0.0001) comparing with November–December. ... The heterogeneity observed between the age groups was greater when we analyzed the subgroup of the population without preexisting risk conditions where we found that the CFR in the female sex in the second wave was 1.95 times (95% CI, 1.38-2.76) the CFR of the first wave in the population over 85 years old and was 7.7 times (95% CI, 5.01-11.83; p < 0.0001) in the population between 40 and 59 years old. In the male population without previous diseases, the CFR in the second wave was 2.18 (95% CI, 1.62-2.93) times the CFR of the first wave in the population over 85 years old and 5.9 (95% CI, 3.2-10.85; p < 0, 0001) higher in the range between 20 and 39 years old.". 
  36. Public Health England (16 February 2021). "Variants: distribution of cases data". GOV.UK. Pridobljeno dne 2021-02-17.
  37. Napaka pri navajanju: Neveljavna oznaka <ref>; sklici poimenovani briefing5 ne vsebujejo besedila (glej stran pomoči).
  38. Predloga:Cite techreport
  39. 39,0 39,1 39,2 Collier DA, De Marco A, Gupta RK, et al. (2021-05-06). "Sensitivity of SARS-CoV-2 B.1.1.7 to mRNA vaccine-elicited antibodies". Nature (Published). 593 (7857): 136–141. doi:10.1038/s41586-021-03412-7. PMID 33706364 Preveri |pmid= vrednost (pomoč). We therefore generated pseudoviruses that carried the B.1.1.7 spike mutations with or without the additional E484K substitution and tested these against sera obtained after the first and second dose of the BNT162b2 mRNA vaccine as well as against convalescent sera. After the second vaccine dose, we observed a considerable loss of neutralizing activity for the pseudovirus with the B.1.1.7 spike mutations and E484K (Fig. 3d, e). The mean fold change for the E484K-containing B.1.1.7 spike variant was 6.7 compared with 1.9 for the B.1.1.7 variant, relative to the wild-type spike protein (Fig. 3a–c and Extended Data Fig. 5). Similarly, when we tested a panel of convalescent sera with a range of neutralization titres (Fig. 1f, g and Extended Data Fig. 5), we observed additional loss of activity against the mutant B.1.1.7 spike with E484K, with fold change of 11.4 relative to the wild-type spike protein (Fig. 3f, g and Extended Data Fig. 5).
  40. Azad, Arman (2021-03-17). "Coronavirus strains first detected in California are officially 'variants of concern,' CDC says". CNN. Pridobljeno dne 2021-06-06.
  41. Deng X, Garcia-Knight MA, Khalid MM, Servellita V, Wang C, Morris MK, et al. (9 March 2021). "Transmission, infectivity, and antibody neutralization of an emerging SARS-CoV-2 variant in California carrying a L452R spike protein mutation" (Predobjava). doi:10.1101/2021.03.07.21252647. PMC 7987058. PMID 33758899 Preveri |pmid= vrednost (pomoč) – via medRxiv. Navedi journal zahteva |journal= (pomoč)
  42. Napaka pri navajanju: Neveljavna oznaka <ref>; sklici poimenovani NYTimes 17May ne vsebujejo besedila (glej stran pomoči).
  43. Ho, Catherine (2021-02-28). "Do coronavirus tests work on variants?". San Francisco Chronicle. Pridobljeno dne 2021-06-24. All of the variants of concern, such as ... the California variant B.1.429, have mutations on the S or spike gene — not at the locations that most tests look for. Those variants have other mutations, but none that allow them to fully evade most diagnostic tests.
  44. Wadman M (2021-02-23). "California coronavirus strain may be more infectious – and lethal". Science News. doi:10.1126/science.abh2101. Pridobljeno dne 2021-03-17.
  45. Predloga:Cite techreport
  46. Napaka pri navajanju: Neveljavna oznaka <ref>; sklici poimenovani 20A_617 ne vsebujejo besedila (glej stran pomoči).
  47. Napaka pri navajanju: Neveljavna oznaka <ref>; sklici poimenovani briefing15 ne vsebujejo besedila (glej stran pomoči).
  48. "Predicted domination of variant Delta of SARS-CoV-2 before Tokyo Olympic games, Japan". medRxiv. 2021-06-15. doi:10.1101/2021.06.12.21258835 . https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.06.12.21258835v1. 
  49. Sheikh A, McMenamin J, Taylor B, Robertson C (2021-06-14). "SARS-CoV-2 Delta VOC in Scotland: demographics, risk of hospital admission, and vaccine effectiveness". The Lancet. doi:10.1016/S0140-6736(21)01358-1. ISSN 0140-6736. PMID 34139198 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  50. 50,0 50,1 50,2 50,3 Yadav PD, Sapkal GN, Abraham P, Ella R, Deshpande G, Patil DY, et al. (2021-05-07). "Neutralization of variant under investigation B.1.617 with sera of BBV152 vaccinees". Clinical Infectious Diseases. Oxford University Press (ciab411). bioRxiv 10.1101/2021.04.23.441101 Preveri |biorxiv= value (pomoč). doi:10.1093/cid/ciab411. PMID 33961693 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  51. 51,0 51,1 Predloga:Cite bioRxiv
  52. Predloga:Cite techreport
  53. Nuki, Paul; Newey, Sarah (2021-04-16). "Arrival of India's 'double mutation' adds to variant woes, but threat posed remains unclear". The Telegraph (angleščina). ISSN 0307-1235. Pridobljeno dne 2021-04-17.
  54. "B.1.525 international lineage report". cov-lineages.org. Pango team. Pridobljeno dne 2021-06-04.
  55. "Date mismatch between international report and lineage description - cov-lineages/pangolin". GitHub (Software issue). 2021-06-13. Pridobljeno dne 2021-06-14.
  56. Napaka pri navajanju: Neveljavna oznaka <ref>; sklici poimenovani Pango B.1.525 ne vsebujejo besedila (glej stran pomoči).
  57. "B.1.525". cov-lineages.org. Pango team. Pridobljeno dne 2021-03-22.
  58. Napaka pri navajanju: Neveljavna oznaka <ref>; sklici poimenovani nextstrain-amendation ne vsebujejo besedila (glej stran pomoči).
Napaka pri navajanju: Sklic definiran v seznamu imenovan "AlmETAL." ni uporabljen v vsebini (glej stran pomoči).

Zunanje povezave[uredi | uredi kodo]

Predloga:Scholia