Ogled vira Vrsta (biologija)

{{drugipomeni|Vrsta}}
{{Bioloska klasifikacija}}
'''Vŕsta''' ([[latinščina|latinsko]] '''''species''''') je v [[biologija|biologiji]] ena od osnovnih [[biodiverziteta|biodiverzitetnih]] kategorij. Vrsta na splošno sestoji iz vseh posameznih organizmov naravne [[populacija (biologija)|populacije]], ki so se zaradi razmeroma recentnega skupnega prednika med seboj sposobni ploditi ter imajo na splošno podoben izgled, značilnosti in dedne lastnosti.

Čeprav so definicije vrste različne in je včasih težko ločiti med vrsto in [[podvrsta|podvrsto]], so prave meje med vrstami v splošnem dovolj jasne. Zgled za vrsto sta na primer [[mehiški aksolotl]] (''Ambystoma mexicanum'') in ''[[okroglolistna rosika]]'' (Drosera rotundifolia). Zgled skupin, ki niso vrste: [[sibirski tiger]], ki je podvrsta [[tiger|tigra]]); [[jelen]], ki ni vrsta, temveč družina 34 vrst, med katerimi sta npr. [[rdeči jelen]] in [[močvirski jelen]]. Vse danes živeči ljudje pripadajo isti vrsti (''Homo sapiens'') in tudi isti podvrsti (''H. s. sapiens'').

Pri [[znanstveno razvrščanje|znanstvenem razvrščanju]] dobi vsaka vrsta (razen [[Virusi|virusov]]) dvočlensko ime »binom«, ki ga obravnavamo po pravilih [[latinščina|latinščine]]. Prvi člen imena je ime [[rod (biologija)|rodu]] in ga zapišemo z veliko začetnico. Temu sledi drugi člen, imenovan [[vrstni pridevek]]. Ljudje na primer spadajo v rod ''Homo'' in so v vrsti ''[[Homo sapiens]]''. Ime vrste obsega [[dvočlensko poimenovanje|oba člena]] in ne le drugega. Dvočlensko poimenovanje je kot standard, ki je bil kasneje v [[taksonomija|taksonomiji]] formaliziran, v 18. stoletju uvedel švedski naravoslovec [[Carl von Linné]] v svojih delih ''[[Species Plantarum]]'' in ''[[Systema Naturae]]'' (njegovo ime se v naravoslovju navadno zapiše kot Carolus Linnaeus oz. pri vrstah, ki jih je poimenoval v obliki kratice L.), zaradi česar ga ponekod imenujejo »poimenovanje po Linneju«. 

Od prihoda teorije o [[evolucija|evoluciji]] se je pojmovanje vrste spremenilo v temelju. Še vedno pa ni doseženo soglasje o tem, kaj naj bi izraz ''vrsta'' pomenil. Najpogosteje navajano opredelitev vrste je skoval nemško-ameriški biolog [[Ernst Mayr]]. Po njegovem razumevanju, ki ga imenujemo biološko pojmovanje vrste ali izolacijsko pojmovanje vrste, naj bi bile vrste »skupine naravnih populacij, ki so se dejansko ali potencialno med seboj sposobne ploditi in so reproduktivno izolirane od drugih takih skupin«.<ref name="Zelnio">{{Navedi splet|title=Species Concepts|url=https://blogs.scientificamerican.com/evo-eco-lab/species-concepts/|publisher=[[Scientific American]]|accessdate=14 March 2017|date=20 April 2012|archiveurl=https://web.archive.org/web/20170314154734/https://blogs.scientificamerican.com/evo-eco-lab/species-concepts/|archivedate=14 March 2017}}</ref><ref>{{Navedi časopis|last=Mallet|first=James|date=1995|title=A species definition for the modern synthesis|url=https://archive.org/details/sim_trends-in-ecology-evolution_1995_10_7/page/294|journal=Trends in Ecology & Evolution|volume=10|issue=7|pages=294–299|bibcode=1995TEcoE..10..294M|doi=10.1016/0169-5347(95)90031-4|pmid=21237047}}</ref>

V tisku se znanstveno ime vrste pravilno zapiše ležeče. Neznane vrste dobijo kot drugi člen v ednini okrajšavo »sp.«, v množini pa »spp.«

== Definicija ==
Biologi in taksonomi so skozi zgodovino poskušali razviti natančno definicijo vrste. Sprva so preučevali zunanje značilnosti organizmov ([[Morfologija (biologija)|morfologijo]]) in postopoma prehajali k sodobnejšim metodam, kot je [[genetika]]. Zgodnji taksonomi, vključno z Linnaeusom, so svoje opise temeljili na tem, kar so lahko opazili z očmi. Tako je nastal koncept vrste, ki temelji na fizičnih lastnostih organizmov (tipološki ali morfološki koncept). Kasneje je [[Ernst Mayr]] poudarjal pomen reproduktivne izolacije, vendar je to, tako kot mnoge druge definicije vrste, težko ali celo nemogoče preveriti v praksi.<ref name="Zelnio3">{{Navedi splet|title=Species Concepts|url=https://blogs.scientificamerican.com/evo-eco-lab/species-concepts/|publisher=[[Scientific American]]|accessdate=14 March 2017|date=20 April 2012|archiveurl=https://web.archive.org/web/20170314154734/https://blogs.scientificamerican.com/evo-eco-lab/species-concepts/|archivedate=14 March 2017}}</ref><ref>{{Navedi časopis|last=Mallet|first=James|date=1995|title=A species definition for the modern synthesis|url=https://archive.org/details/sim_trends-in-ecology-evolution_1995_10_7/page/294|journal=Trends in Ecology & Evolution|volume=10|issue=7|pages=294–299|bibcode=1995TEcoE..10..294M|doi=10.1016/0169-5347(95)90031-4|pmid=21237047}}</ref> Biologi, ki so prišli po Mayru, so poskušali izboljšati njegovo definicijo vrste s koncepti prepoznavanja in kohezije.<ref>{{Navedi časopis|last=Masters|first=J. C.|last2=Spencer|first2=H. G.|date=1989|title=Why We Need a New Genetic Species Concept|journal=Systematic Zoology|volume=38|issue=3|pages=270–279|doi=10.2307/2992287|jstor=2992287}}</ref> Mnogi od teh konceptov so si zelo podobni ali se prekrivajo, zaradi česar jih je težko prešteti. Na primer, biolog R. L. Mayden je zabeležil okoli 24 različnih konceptov vrste<ref name="Claridge19972">{{Navedi knjigo|last=Mayden|first=R. L.|editor-last=Claridge|editor-first=M. F.|chapter=A hierarchy of species concepts: the denouement of the species problem|title=The Units of Biodiversity – Species in Practice Special Volume 54|date=1997|publisher=Systematics Association}}</ref>, filozof znanosti John Wilkins pa 26.<ref name="Zelnio3" />  

Wilkins je razvrstil različne koncepte vrste v sedem glavnih kategorij: 

# [[Apomiksa|Agamosermija]]:  koncept vrste za nespolne organizme, ki se razmnožujejo brez spolnega razmnoževanja.
# Biovrste: Koncept vrste za spolne organizme, ki so reproduktivno izolirani od drugih vrst.
# [[Ekotip|Ekotipi]]: Vrste, ki se opredeljujejo glede na ekološke niše, ki jih zasedajo.
# Evolucijske vrste: Vrste, opredeljene na podlagi njihovega evolucijskega rodovnika.
# Genetske vrste: Vrste, opredeljene na podlagi skupnega genskega bazena.
# Morfološke vrste: Vrste, opredeljene na podlagi njihove oblike ali fizičnih lastnosti (fenotipa).
# Taksonomske vrste: Vrste, ki jih določi taksonom na podlagi strokovnih meril.{{Sfn|Zachos|2016|p=79}}

=== Tipološke ali morfološke vrste ===
[[Slika:Eurasian_blue_tit_Lancashire.jpg|sličica|Vsi odrasli osebki [[Plavček (ptica)|plavčka]] imajo enako obarvanost. Zaradi te enotne obarvanosti jih lahko nedvoumno identificiramo kot ''morfovrsto''.<ref>{{Navedi knjigo|last=Gooders|first=John|title=Kingfisher Field Guide to the Birds of Britain and Ireland|page=246|publisher=Kingfisher Books|date=1986|isbn=978-0-86272-139-8}}</ref> – koncept vrste, ki temelji na fizičnih lastnostih, kot je barva perja.]]
Tipološka vrsta opredeljuje vrsto kot skupino organizmov, ki imajo določene stalne lastnosti, imenovane tip. Te lastnosti so tako očitne, da jih lahko prepoznajo celo ljudje brez formalnega izobraževanja, enako kot sodobni taksonomi.<ref name="Gould 1980">{{Navedi knjigo|last=Gould|first=Stephen Jay|authorlink=Stephen Jay Gould|chapter=A Quahog is a Quahog|title=In: The Panda's Thumb: More Reflections in Natural History|location=New York|publisher=W.W. Norton & Company|date=1980|pages=[https://archive.org/details/pandasthumb000step/page/204 204–213]|isbn=978-0-393-30023-9|chapterurl=https://archive.org/details/pandasthumb000step/page/204}}</ref><ref name="Maynard Smith">{{Navedi knjigo|last=Maynard Smith|first=John|authorlink=John Maynard Smith|title=Evolutionary Genetics|url=https://archive.org/details/evolutionarygene0000mayn|publisher=Oxford University Press|date=1989|pages=[https://archive.org/details/evolutionarygene0000mayn/page/273 273]–274|isbn=978-0-19-854215-5}}</ref> Pri tej metodi se uporabljajo razlike v fizičnih značilnostih (fenotipih),  kot so na primer dolžina repa, za razlikovanje med vrstami. To tipološko metodo so v zgodnji zgodovini biologije uporabljali kot klasično metodo za določanje vrst. Linnaeus je to metodo uporabljal pri svojem delu na začetku razvoja evolucijske teorije. Vendar je pomembno razumeti, da različni fenotipi ne pomenijo nujno, da gre za različne vrste. Na primer, če se ''[[vinska mušica]]'' rodi s štirimi krili, medtem ko ima njena mati dve krili, to še ne pomeni, da gre za drugo vrsto. Vrste, ki so določene na podlagi tipološke metode, se imenujejo ''morfovrste (morphospecies),''<ref>{{Navedi časopis|last=Ruse|first=Michael|author-link=Michael Ruse|year=1969|title=Definitions of Species in Biology|journal=The British Journal for the Philosophy of Science|volume=20|issue=2|pages=97–119|doi=10.1093/bjps/20.2.97|jstor=686173}}</ref><ref>{{Navedi časopis|last=Lewin|first=Ralph A.|author-link=Ralph A. Lewin|year=1981|title=Three Species Concepts|journal=Taxon|volume=30|issue=3|pages=609–613|doi=10.2307/1219942|jstor=1219942}}</ref> kar pomeni, da so določene glede na obliko in fizične značilnosti.

V 1970-ih letih so biologi [[Robert R. Sokal]], Theodore J. Crovello in [[Peter Sneath]] razvili koncept [[Fenetika|fenetske]] vrste, kot različico tradicionalnega morfološkega koncepta. Fenetska vrsta je skupina organizmov, ki imajo med seboj podoben videz ([[fenotip]]), vendar se razlikujejo od drugih skupin organizmov po svojih fizičnih lastnostih.<ref>{{Harvardski navedek brez oklepajev|Claridge|Dawah|Wilson|1997|p=404}}</ref> Ta koncept se razlikuje od tradicionalnega morfološkega pristopa, ker vključuje uporabo numeričnih meritev za izračun razdalje ali podobnosti med organizmi.<ref>{{Navedi časopis|last=Ghiselin|first=Michael T.|author-link=Michael Ghiselin|year=1974|title=A Radical Solution to the Species Problem|url=https://philpapers.org/rec/GHIARS|journal=Systematic Biology|volume=23|issue=4|pages=536–544|doi=10.1093/sysbio/23.4.536}}</ref> To pomeni, da se organizmi združujejo v skupine na podlagi primerjav velikega števila fizičnih lastnosti, kar je bolj kvantitativen in sistematičen način določanja vrst.

=== Vrsta na osnovi prepoznave partnerja in kohezijska vrsta ===
Vrsta na osnovi prepoznave partnerja je skupina organizmov, ki se spolno razmnožujejo in se med seboj prepoznajo kot kot primerni partnerji za parjenje.<ref>Claridge et al.:408–409.</ref><ref>{{Navedi knjigo|last=Paterson|first=H. E. H.|date=1985|title=Monograph No. 4: The recognition concept of species|chapter=Species and Speciation|editor-last=Vrba|editor-first=E. S.|publisher=Transvaal Museum|location=Pretoria}}</ref> Koncept kohezijske vrste razširja to idejo, saj poleg prepoznavanja partnerjev vključuje tudi izolacijo po parjenju. Kohezijska vrsta vključuje vse posameznike, ki lahko ohranijo skupne lastnosti (fenotipsko kohezijo) zaradi notranjih mehanizmov, ki jih povezujejo. Tudi če se različne populacije lahko križajo (hibridizirajo), so to še vedno ločene kohezijske vrste, če ta hibridizacija ni dovolj obsežna, da bi popolnoma združila njihove [[Genski sklad|genske sklade]].<ref name="Mallet">{{cite encyclopedia|last=Mallet|first=James|author-link=James Mallet|title=Species, Concepts of|url=http://www.ucl.ac.uk/taxome/jim/Sp/species.pdf<!--preprint-->|publisher=Blackwell|editor1-last=Calow|editor1-first=P.|encyclopedia=Encyclopaedia of Ecology and Environmental Management|pages=709–711|isbn=978-0-632-05546-3|url-status=live|archive-url=https://web.archive.org/web/20161019152621/http://www.ucl.ac.uk/taxome/jim/Sp/species.pdf|archive-date=19 October 2016|df=dmy-all|date=28 September 1999}}</ref> Nadaljnji razvoj koncepta prepoznave vodi k biosemiotskemu konceptu vrste,<ref>{{Navedi časopis|last=Kull|first=Kalevi|author-link=Kalevi Kull|date=2016|title=The biosemiotic concept of the species|url=https://www.academia.edu/23574109|url-status=live|journal=Biosemiotics|volume=9|pages=61–71|doi=10.1007/s12304-016-9259-2|archive-url=https://web.archive.org/web/20180207144820/http://www.academia.edu/23574109/The_Biosemiotic_Concept_of_the_Species|archive-date=7 February 2018}}</ref> ki se osredotoča na komunikacijo med organizmi.

=== Genetska podobnost in črtne kode vrst ===
[[Slika:Cytochrome_C_Oxidase_1OCC_in_Membrane_2.png|sličica|Področje [[gen]]a za [[encim]] [[Citokrom c oksidaza|citokrom c oksidazo]] se uporablja za razlikovanje vrst v bazi podatkov [[Barcode of Life Data Systems]].]]
V [[Mikrobiologija|mikrobiologiji]] se geni lahko prenašajo tudi med različnimi bakterijami, vključno s tistimi, ki niso tesno povezane po evolucijski poti. To pomeni, da se geni lahko izmenjujejo ne samo med bližnjimi sorodniki, temveč tudi med zelo različnimi bakterijami znotraj celotne bakterijske skupine. Mikrobiologi so ugotovili, da če imajo [[bakterije]] ali [[arheje]] več kot 97% podobnost v zaporedju gena za [[16S rRNA|16S ribosomalno RNA]], je treba opraviti dodatne teste  (kot je [[hibridizacija DNK-DNK]]), da se ugotovi, ali pripadajo isti vrsti.<ref>{{Navedi časopis|last=Stackebrandt|first=E.|last2=Goebel|first2=B. M.|year=1994|title=Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology|journal=International Journal of Systematic Bacteriology|volume=44|issue=4|pages=846–849|doi=10.1099/00207713-44-4-846|doi-access=free}}</ref> Leta 2006 so ta prag povišali na 98,7%.<ref>{{Navedi časopis|last=Stackebrandt|first=E.|last2=Ebers|first2=J.|year=2006|title=Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standards|url=https://microbiologysociety.org/uploads/assets/uploaded/a8800d1f-de21-432d-a5399c13c9ad1643.pdf|url-status=live|journal=Microbiology Today|volume=33|issue=4|pages=152–155|archive-url=https://web.archive.org/web/20180325022016/https://microbiologysociety.org/uploads/assets/uploaded/a8800d1f-de21-432d-a5399c13c9ad1643.pdf|archive-date=25 March 2018}}</ref>

Metoda [[Povprečna identiteta nukleotidov|povprečne nukleotidne identitete]] (ANI) omogoča merjenje kako [[Genetska razdalja|genetsko podobni]] so celotni[[Dednina|genomi]] različnih organizmov. Pri tej analizi primerjajo določene dele genomov, ki so dolgi približno 10.000 [[Bazni par|baznih parov]] (gradnikov DNK). Ko znanstveniki zberejo dovolj podatkov o genomih organizmov znotraj enega rodu, lahko uporabijo računalniške algoritme za določanje in razvrščanje vrst. Na primer, leta 2013 so na ta način kategorizirali bakterijo ''[[Pseudomonas avellanae]].''<ref name="Land 2015">{{Navedi časopis|last=Land|first=Miriam|last2=Hauser|first2=Loren|last3=Jun|first3=Se-Ran|last4=Nookaew|first4=Intawat|last5=Leuze|first5=Michael R.|last6=Ahn|first6=Tae-Hyuk|last7=Karpinets|first7=Tatiana|last8=Lund|first8=Ole|last9=Kora|first9=Guruprased|last10=Wassenaar|first10=Trudy|last11=Poudel|first11=Suresh|year=2015|title=Insights from 20 years of bacterial genome sequencing|journal=Functional & Integrative Genomics|volume=15|issue=2|pages=141–161|doi=10.1007/s10142-015-0433-4|pmc=4361730|pmid=25722247}} [[Slika:CC-BY_icon.svg|50x50_pik]] This article contains quotations from this source, which is available under the [[creativecommons:by/4.0/|Creative Commons Attribution 4.0 International (CC BY 4.0)]] {{Navedi splet |url=https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ |title=arhivska kopija |accessdate=2024-08-23 |archive-date=2017-10-16 |archive-url=https://web.archive.org/web/20171016050101/https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ |url-status=bot: unknown }} license.</ref>  Od leta 2020 dalje se ta metoda uporablja za vse bakterije in arheje, katerih genomi so bili sekvencirani.<ref>{{Navedi časopis|last=Parks|first=D. H.|last2=Chuvochina|first2=M.|last3=Chaumeil|first3=P. A.|last4=Rinke|first4=C.|last5=Mussig|first5=A. J.|last6=Hugenholtz|first6=P.|date=September 2020|title=A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea|url=https://www.researchgate.net/publication/340954053|journal=Nature Biotechnology|volume=38|issue=9|pages=1079–1086|biorxiv=10.1101/771964|doi=10.1038/s41587-020-0501-8|pmid=32341564}}</ref> Opazili so, da vrednosti ANI med različnimi organizmi kažejo na "vrzel ANI" med 85–95%, kar kaže na genetsko mejo, ki je uporabna za definiranje vrste.<ref>{{Navedi časopis|last=Rodriguez-R|first=Luis M.|last2=Jain|first2=Chirag|last3=Conrad|first3=Roth E.|last4=Aluru|first4=Srinivas|last5=Konstantinidis|first5=Konstantinos T.|date=7 July 2021|title=Reply to: "Re-evaluating the evidence for a universal genetic boundary among microbial species"|journal=Nature Communications|volume=12|issue=1|page=4060|bibcode=2021NatCo..12.4060R|doi=10.1038/s41467-021-24129-1|pmc=8263725|pmid=34234115|doi-access=free}}</ref>

Predlagano je bilo, da se za prepoznavanje in razlikovanje vrst uporabi [[črtno kodiranje DNK|metoda črtnega kodiranja DNK]], ki je primerna tudi za nestrokovnjake.<ref>{{Navedi splet|title=What Is DNA Barcoding?|url=http://www.barcodeoflife.org/content/about/what-dna-barcoding|publisher=Barcode of Life|accessdate=11 October 2017|archiveurl=https://web.archive.org/web/20170701081215/http://www.barcodeoflife.org/content/about/what-dna-barcoding|archivedate=1 July 2017}}</ref> Ena od metod temelji na analizi dela mitohondrijske DNK v genu za [[Citokrom c oksidaza|citokrom c oksidazo]]. Baza podatkov [[Barcode of Life Data System]] vsebuje zaporedja črtnih kod DNK več kot 190.000 različnih vrst.<ref name="Ratnasingham">{{Navedi časopis|last=Ratnasingham|first=Sujeevan|last2=Hebert|first2=Paul D. N.|year=2007|title=BOLD: The Barcode of Life Data System (http://www.barcodinglife.org)|journal=Molecular Ecology Notes|volume=7|issue=3|pages=355–364|doi=10.1111/j.1471-8286.2007.01678.x|pmc=1890991|pmid=18784790}}</ref><ref name="Stoeckle">{{Navedi časopis|last=Stoeckle|first=Mark|date=November–December 2013|title=DNA Barcoding Ready for Breakout|url=http://www.councilforresponsiblegenetics.org/genewatch/GeneWatchPage.aspx?pageId=510|url-status=dead|journal=GeneWatch|volume=26|issue=5|archive-url=https://web.archive.org/web/20140403101448/http://www.councilforresponsiblegenetics.org/genewatch/genewatchpage.aspx?pageid=510|archive-date=3 April 2014|access-date=25 March 2018}}</ref> Vendar nekateri znanstveniki, vključno z Robom DeSalleom, opozarjajo na težave pri uporabi DNK črtnih kod v primerjavi s tradicionalnimi metodami razvrščanja organizmov (taksonomija). Menijo, da se obe metodi včasih razlikujeta pri določanju, kaj je vrsta, zato predlagajo, da bi ju morali bolje uskladiti.<ref name="DeSalleEgan2005">{{Navedi časopis|last=DeSalle|first=R.|last2=Egan|first2=M. G.|last3=Siddall|first3=M.|year=2005|title=The unholy trinity: taxonomy, species delimitation and DNA barcoding|journal=Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences|volume=360|issue=1462|pages=1905–1916|doi=10.1098/rstb.2005.1722|pmc=1609226|pmid=16214748}}</ref> Poleg tega lahko [[genetska introgresija]] (prenos genov iz ene vrste v drugo) povzroči zmedo pri identifikaciji vrst z uporabo DNK črtnih kod. To se lahko zgodi, na primer, zaradi organizmov, kot so [[endosimbiont]]i (organizmi, ki živijo znotraj drugih organizmov), ki lahko prenašajo gene med vrstami.<ref>{{Navedi časopis|last=Whitworth|first=T. L.|last2=Dawson|first2=R. D.|last3=Magalon|first3=H.|last4=Baudry|first4=E.|year=2007|title=DNA barcoding cannot reliably identify species of the blowfly genus Protocalliphora (Diptera: Calliphoridae)|journal=Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences|volume=274|issue=1619|pages=1731–1739|doi=10.1098/rspb.2007.0062|pmc=2493573|pmid=17472911}}</ref>

=== Filogenetske ali kladistične vrste ===
[[Slika:Cladistic_species.svg|sličica|Kladistični ali filogenetski koncept vrste opredeljuje vrsto kot najmanjšo skupino organizmov, ki jo je mogoče prepoznati po edinstvenem nizu genetskih ali morfoloških lastnosti. Ta koncept ne vključuje reproduktivne izolacije kot merila za določanje vrste, kar pomeni, da se lahko uporablja tudi v paleontologiji.]]
Filogenetska ali [[kladistika|kladistična]] vrsta je »najmanjša skupek populacij (pri spolnih organizmih) ali linij (pri nespolnih organizmih), prepoznati z edinstveno kombinacijo lastnosti pri primerljivih posameznikih«.<ref name="Nixon1990">{{Navedi časopis|last=Nixon|first=K. C.|last2=Wheeler|first2=Q. D.|year=1990|title=An amplification of the phylogenetic species concept|journal=Cladistics|volume=6|issue=3|pages=211–223|doi=10.1111/j.1096-0031.1990.tb00541.x|doi-access=free}}</ref> Opazovane lastnosti zagotavljajo dokaze za hipoteze o različnih evolucijskih linijah, ki so ohranile svojo gensko celovitost skozi čas in prostor.<ref>Wheeler, Quentin D.; Platnick, Norman I. 2000. The phylogenetic species concept (sensu Wheeler & Platnick). In: {{Harvardski navedek brez oklepajev|Wheeler|Meier2000|pp=55–69}}</ref><ref>{{Navedi časopis|last=Giraud|first=T.|last2=Refrégier, G.|last3=Le Gac, M.|last4=de Vienne, D. M.|last5=Hood, M. E.|year=2008|title=Speciation in Fungi|journal=Fungal Genetics and Biology|volume=45|issue=6|pages=791–802|doi=10.1016/j.fgb.2008.02.001|pmid=18346919}}</ref><ref>{{Navedi knjigo|last=Bernardo|first=J.|year=2011|chapter=A critical appraisal of the meaning and diagnosability of cryptic evolutionary diversity, and its implications for conservation in the face of climate change|pages=380–438|title=Climate Change, Ecology and Systematics. Systematics Association Special Series|editor-first=T.|editor-last=Hodkinson|publisher=Cambridge University Press|isbn=978-0-521-76609-8}}.</ref><ref>Brower, Andrew V. Z. and Randall T. Schuh. (2021). Biological Systematics: Principles and Applications. Cornell University Press, Ithaca, NY.</ref> Molekularni označevalci, kot so genske razlike v jedrski ali [[Mitohondrijska DNK|mitohondrijski DNK]], se lahko uporabljajo za določanje teh vrst..<ref name="Giraud2008">{{Navedi časopis|last=Giraud, T.|last2=Refrégier, G.|last3=Le Gac, M.|last4=de Vienne, D. M.|last5=Hood, M. E.|year=2008|title=Speciation in Fungi|journal=Fungal Genetics and Biology|volume=45|issue=6|pages=791–802|doi=10.1016/j.fgb.2008.02.001|pmid=18346919}}</ref><ref name="Nixon1990" /><ref name="Taylor2000">{{Navedi časopis|last=Taylor, J. W.|last2=Jacobson, D. J.|last3=Kroken, S.|last4=Kasuga, T.|last5=Geiser, D. M.|last6=Hibbett, D. S.|last7=Fisher, M. C.|year=2000|title=Phylogenetic species recognition and species concepts in fungi|journal=Fungal Genetics and Biology|volume=31|issue=1|pages=21–32|doi=10.1006/fgbi.2000.1228|pmid=11118132}}</ref> Na primer, v eni študiji o [[Glive|glivah]] je uporaba kladističnih vrst pri preučevanju nukleotidnih znakov dala najbolj natančne rezultate pri prepoznavanju različnih vrst gliv v primerjavi z drugimi koncepti vrst.<ref name="Taylor2000" /><ref>{{Navedi časopis|last=Taylor|first=J. W.|last2=Turner|first2=E.|last3=Townsend|first3=J. P.|last4=Dettman|first4=J. R.|last5=Jacobson|first5=D.|year=2006|title=Eukaryotic microbes, species recognition and the geographic limits of species: Examples from the kingdom Fungi|journal=Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences|volume=361|issue=1475|pages=1947–1963|doi=10.1098/rstb.2006.1923|pmc=1764934|pmid=17062413}}</ref> Vendar različice filogenetskega koncepta, ki poudarjajo monofilijo (vse potomke skupnega prednika) ali diagnozo (prepoznavanje vrst po značilnostih),{{Sfn|Zachos|2016|pp=91–92}} lahko privedejo do razdelitve obstoječih vrst. To se je zgodilo pri [[Votlorogi|Bovidae]], kjer so stare podvrste prepoznali kot ločene vrste, kljub dejstvu, da ni reproduktivnih ovir, in populacije se lahko med seboj križajo.<ref>Groves, C.; Grubb, P. 2011. Ungulate taxonomy. Baltimore, MD: The Johns Hopkins University Press.</ref> Nekateri so ta pristop poimenovali [[taksonomska inflacija]], kar pomeni, da se jasnost in natančnost opredelitve vrste zmanjšuje in taksonomija postaja nestabilna.<ref>{{Navedi časopis|last=Heller|first=R.|last2=Frandsen, P.|last3=Lorenzen, E. D.|last4=Siegismund, H. R.|year=2013|title=Are there really twice as many bovid species as we thought?|journal=Systematic Biology|volume=62|issue=3|pages=490–493|doi=10.1093/sysbio/syt004|pmid=23362112|doi-access=free|hdl-access=free}}</ref> Drugi pa zagovarjajo ta pristop in menijo, da je »taksonomska inflacija« negativna oznaka, medtem ko nasprotni pogled imenujejo »taksonomski konzervativizem«. Ti zagovorniki trdijo, da je smiselno razdeliti vrste in priznati manjše populacije kot vrste, saj to omogoča, da jih lažje vključim na [[Rdeči seznam IUCN|rdeči seznam]] [[Svetovna zveza za varstvo narave|IUCN]] kot [[ogrožena vrsta|ogrožene vrste]], kar lahko prinese zakonodajo o varstvu in dodatna sredstva za ohranjanje.<ref>{{Navedi časopis|last=Cotterill|first=F.|last2=Taylor, P.|last3=Gippoliti, S.|display-authors=etal|year=2014|title=Why one century of phenetics is enough: Response to 'are there really twice as many bovid species as we thought?'|journal=Systematic Biology|volume=63|issue=5|pages=819–832|doi=10.1093/sysbio/syu003|pmid=24415680|doi-access=free}}</ref>

Za razliko od biološkega koncepta vrste se kladistična vrsta ne opira na reproduktivno izolacijo – njeni kriteriji za določanje vrste so neodvisni od procesov, ki so ključni za druge koncepte. <ref name="Nixon19902">{{Navedi časopis|last=Nixon|first=K. C.|last2=Wheeler|first2=Q. D.|year=1990|title=An amplification of the phylogenetic species concept|journal=Cladistics|volume=6|issue=3|pages=211–223|doi=10.1111/j.1096-0031.1990.tb00541.x|doi-access=free}}</ref> Zato je ta koncept primeren tudi za nespolne organizme.<ref name="Giraud20082">{{Navedi časopis|last=Giraud, T.|last2=Refrégier, G.|last3=Le Gac, M.|last4=de Vienne, D. M.|last5=Hood, M. E.|year=2008|title=Speciation in Fungi|journal=Fungal Genetics and Biology|volume=45|issue=6|pages=791–802|doi=10.1016/j.fgb.2008.02.001|pmid=18346919}}</ref><ref name="Taylor20002">{{Navedi časopis|last=Taylor, J. W.|last2=Jacobson, D. J.|last3=Kroken, S.|last4=Kasuga, T.|last5=Geiser, D. M.|last6=Hibbett, D. S.|last7=Fisher, M. C.|year=2000|title=Phylogenetic species recognition and species concepts in fungi|journal=Fungal Genetics and Biology|volume=31|issue=1|pages=21–32|doi=10.1006/fgbi.2000.1228|pmid=11118132}}</ref> Vendar pa kladistični pristop ne zagotavlja vedno jasnih in intuitivno zadovoljivih meja med taksoni in je potrebno uporabiti več različnih virov dokazov - na primer primerjavo več genetskih značilnosti (več polimorfnih genov), da bi dal zanesljive rezultate.<ref name="Taylor20002" />

=== Evolucijske vrste ===
Evolucijska vrsta, kot jo je predlagal [[George Gaylord Simpson]] leta 1951, je definirana kot »entiteta, sestavljena iz organizmov, ki ohranja svojo identiteto ločeno od drugih takšnih entitet skozi čas in prostor  ter ima svojo neodvisno evolucijsko pot in zgodovino«.<ref name="Claridge1997">{{Navedi knjigo|last=Mayden|first=R. L.|editor-last=Claridge|editor-first=M. F.|chapter=A hierarchy of species concepts: the denouement of the species problem|title=The Units of Biodiversity – Species in Practice Special Volume 54|date=1997|publisher=Systematics Association}}</ref><ref>{{Navedi časopis|last=Laporte|first=L. O. F.|year=1994|title=Simpson on species|journal=Journal of the History of Biology|volume=27|issue=1|pages=141–159|doi=10.1007/BF01058629|pmid=11639257}}</ref> Ta koncept se razlikuje od biološkega koncepta vrste, saj poudarja  zgodovinsko kontinuiteto in trajnost vrste skozi čas. Wiley in Mayden sta trdila, da je evolucijski koncept vrste »identičen« konceptu vrste, ki ga je razvil [[Willi Hennig]], ter dodala, da so druge metode, kot so biološki koncept vrste in različne različice filogenetskega koncepta, manj primerne za natančno določanje števila vrst, kar je ključno za študije biodiverzitete. Prav tako sta predlagala, da evolucijski koncept vrste deluje tako za nespolno kot za spolno razmnožujoče se vrste. [[Kevin de Queiroz]] je predstavil različico evolucijskega koncepta, imenovanega »Splošni koncept rodovnih vrst (General Lineage Concept of Species)«.<ref>{{Navedi knjigo|last=de Queiroz|first=Kevin|year=1998|chapter=The general lineage concept of species, species criteria, and the process of speciation|pages=57–75|editor-last=D. J. Howard|title=Endless forms: species and speciation|publisher=Oxford University Press}}</ref>

=== Ekološke vrste ===
Ekološka vrsta je skupina organizmov, ki so se prilagodili specifičnim virom ali okolju, ki ga imenujemo niša. To pomeni, da organizmi znotraj te vrste izkoriščajo enake vire in so specializirani za življenje v določenem okolju. Po tem konceptu se populacije organizmov oblikujejo v ločene fenetske skupine, ki jih prepoznamo kot vrste, ker ekološki in evolucijski procesi določajo, kako se viri razdelijo v okolju..<ref name="ridley">{{Navedi knjigo|last=Ridley|first=Mark|authorlink=Mark Ridley (zoologist)|title=Evolution|year=1996|url=https://archive.org/details/evolution0000ridl|publisher=Blackwell Science|chapter=The Idea of Species|edition=2nd|page=[https://archive.org/details/evolution0000ridl/page/719 719]|isbn=978-0-86542-495-1}}</ref>

=== Genetske vrste ===
Genetska vrsta, kot sta jo opredelila Robert Baker in Robert Bradley, je skupina populacij, ki so genetsko izolirane in se razmnožujejo znotraj svoje skupine. Ta koncept je podoben Mayrjevemu biološkemu konceptu vrste, vendar bolj poudarja genetsko izolacijo kot kriterij za določanje vrste namesto reproduktivne izolacije.<ref>{{Navedi časopis|last=Baker|first=Robert J.|last2=Bradley|first2=Robert D.|date=2006|title=Speciation in Mammals and the Genetic Species Concept|url=https://archive.org/details/sim_journal-of-mammalogy_2006-08_87_4/page/643|journal=Journal of Mammalogy|volume=87|issue=4|pages=643–662|doi=10.1644/06-MAMM-F-038R2.1|pmc=2771874|pmid=19890476}}</ref> V 21. stoletju je mogoče določiti genetsko vrsto s primerjavo zaporedij DNK. V preteklosti so bile na voljo tudi druge metode, kot je primerjava [[Kariotip|kariotipov]] (sklopov [[Kromosom|kromosomov]]) in [[Allozyme|alozimov]] (različic [[Encim|encimov]]).<ref name="BakerBradley2006">{{Navedi časopis|last=Baker|first=Robert J.|last2=Bradley|first2=Robert D.|year=2006|title=Speciation in Mammals and the Genetic Species Concept|url=https://archive.org/details/sim_journal-of-mammalogy_2006-08_87_4/page/643|journal=Journal of Mammalogy|volume=87|issue=4|pages=643–662|doi=10.1644/06-MAMM-F-038R2.1|pmc=2771874|pmid=19890476}}</ref>

=== Evolucijsko pomembna enota ===
[[Evolucijsko pomembna enota]] (ESU) ali »vrsta prosto živečih živali«<ref>{{Navedi splet|last=Government of Canada. Committee on the Status of Endangered Wildlife in Canada|url=http://www.cosepac.gc.ca/eng/sct0/assessment_process_e.cfm|title=COSEWIC's Assessment Process and Criteria|publisher=Cosepac.gc.ca|accessdate=7 April 2015|archiveurl=https://web.archive.org/web/20150412232417/http://www.cosepac.gc.ca/eng/sct0/assessment_process_e.cfm|archivedate=12 April 2015}}</ref> je populacija organizmov, ki se obravnava kot ločena skupina, ko gre za prizadevanja za njihovo ohranjanje.<ref>{{Navedi splet|last=DeWeerdt|first=Sarah|title=What Really is an Evolutionarily Significant Unit?|url=http://conservationmagazine.org/2002/07/what-really-is-an-evolutionarily-significant-unit/|publisher=University of Washington|accessdate=1 December 2016|date=29 July 2002|archiveurl=https://web.archive.org/web/20170205155325/http://www.conservationmagazine.org/2002/07/what-really-is-an-evolutionarily-significant-unit/|archivedate=5 February 2017}}</ref>

=== Kronovrste ===
[[Slika:Chronospecies.svg|sličica|[[Kronovrsta]] je opredeljena znotraj ene same evolucijske linije (polna črta), kjer se[[primerjalna anatomija|morfologija]] (oblika in struktura) otganizmov spreminja s časom. Na neki točki paleontologi presodijo, da se je zgodilo dovolj sprememb, da lahko rečejo, da sta obstajali dve različni vrsti (A in B), ki sta ločeni v času in anatomiji.]]
V [[Paleontologija|paleontologiji]], kjer so edini dokazi za preučevanje [[primerjalna anatomija]] (morfologija) in [[histologija]] [[Fosil|fosilov]], se lahko uporabi koncept [[Kronovrsta|kronovrste]]<ref name="de Buffrénil et al. 2021">{{Navedi knjigo|last=de Buffrénil|first=Vivian|last2=de Ricqlès|first2=Armand J|last3=Zylberberg|first3=Louise|last4=Padian|first4=Kevin|title=Vertebrate skeletal histology and paleohistology|date=2021|publisher=CRC Press|location=Boca Raton, FL|isbn=978-1351189576|pages=xii + 825|url=https://books.google.com/books?id=tJcwEAAAQBAJ&dq=Vertebrate+Skeletal+Histology+and+Paleohistology&pg=PT8}}</ref>. Med [[Anageneza|anagenezo]] (evolucija, ki ne vključuje nujno razvejanja vrst) si nekateri paleontologi prizadevajo identificirati zaporedje vrst, kjer vsaka naslednja vrsta izhaja iz [[Psevdoizumrtje|filetično izumrle]], skozi nenehne, počasne in bolj ali manj enakomerne spremembe. V takšnem časovnem zaporedju nekateri paleontologi ocenjujejo, koliko sprememb je potrebnih, da se morfološko ločena oblika šteje za drugo vrsto v primerjavi s svojimi predniki.<ref>{{Navedi splet|title=Chronospecies|url=http://www.oxfordreference.com/view/10.1093/oi/authority.20110803095611471|publisher=Oxford Reference|accessdate=12 January 2018|archiveurl=https://web.archive.org/web/20141001151656/http://www.oxfordreference.com/view/10.1093/oi/authority.20110803095611471|archivedate=1 October 2014}}</ref><ref>{{Navedi splet|last=Carr|first=Steven M.|title=Evolutionary species and chronospecies|url=https://www.mun.ca/biology/scarr/Evolutionary_vs_Chronospecies.html|publisher=Memorial University Newfoundland and Labrador|accessdate=12 January 2018|date=2005|archiveurl=https://web.archive.org/web/20160310075417/http://www.mun.ca/biology/scarr/Evolutionary_vs_Chronospecies.html|archivedate=10 March 2016}}</ref><ref>{{Navedi časopis|last=Dzik|first=J.|year=1985|title=Typologic versus population concepts of chronospecies: implications for ammonite biostratigraphy|url=https://www.app.pan.pl/archive/published/app30/app30-071.pdf|url-status=live|journal=Acta Palaeontologica Polonica|volume=30|issue=1–2|pages=71–92|archive-url=https://web.archive.org/web/20170313080626/http://www.app.pan.pl/archive/published/app30/app30-071.pdf|archive-date=13 March 2017}}</ref><ref>{{Navedi knjigo|last=O'Brien|first=Michael J.|last2=Lyman|first2=R. Lee|title=Applying Evolutionary Archaeology: A Systematic Approach|url=https://books.google.com/books?id=IkAOBwAAQBAJ&pg=PA146|year=2007|publisher=Springer|isbn=978-0-306-47468-2|pages=146–149|archiveurl=https://web.archive.org/web/20180207144819/https://books.google.com/books?id=IkAOBwAAQBAJ&pg=PA146|archivedate=7 February 2018}}</ref>

=== Virusne kvazivrste ===
Virusi imajo zelo velike populacije, niso povsem živi organizmi, saj so sestavljeni iz nukleinske kisline (DNK ali RNK) obdane s proteinskim ovojem in hitro mutirajo. Zaradi teh lastnosti tradicionalni koncepti vrst (kot pri živalih ali rastlinah) niso primerni za viruse.<ref>{{Navedi časopis|last=Van Regenmortel|first=Marc H. V.|year=2010|title=Logical puzzles and scientific controversies: The nature of species, viruses and living organisms|journal=Systematic and Applied Microbiology|volume=33|issue=1|pages=1–6|bibcode=2010SyApM..33....1V|doi=10.1016/j.syapm.2009.11.001|pmid=20005655}}</ref> Virusna [[Model kvazivrst|kvazivrsta]] je skupina genotipov, ki so povezani s podobnimi mutacijami in tekmujejo v zelo [[Mutagen|mutagenem]] okolju in jih zato ureja [[ravnovesje med mutacijo in selekcijo]]. Ni predpostavke, da bi virusna kvazivrsta bila podobna tradicionalni biološki vrsti.<ref name="Nimwegen1999">{{Navedi časopis|last=van Nimwegen|first=Erik|last2=Crutchfield|first2=James P.|last3=Huynen|first3=Martijn|date=August 1999|title=Neutral evolution of mutational robustness|journal=PNAS|volume=96|issue=17|pages=9716–9720|arxiv=adap-org/9903006|bibcode=1999PNAS...96.9716V|doi=10.1073/pnas.96.17.9716|pmc=22276|pmid=10449760|doi-access=free}}</ref><ref name="WilkeWang2001">{{Navedi časopis|last=Wilke|first=Claus O.|last2=Wang|first2=Jia Lan|last3=Ofria|first3=Charles|last4=Lenski|first4=Richard E.|last5=Adami|first5=Christoph|year=2001|title=Evolution of digital organisms at high mutation rates leads to survival of the flattest|url=https://authors.library.caltech.edu/56230/2/412331a0_S1.pdf|journal=Nature|volume=412|issue=6844|pages=331–333|bibcode=2001Natur.412..331W|doi=10.1038/35085569|pmid=11460163}}</ref><ref name="ElenaAgudelo-Romero2008">{{Navedi časopis|last=Elena|first=S. F.|last2=Agudelo-Romero|first2=P.|last3=Carrasco|first3=P.|last4=Codoñer|first4=F. M.|last5=Martín|first5=S.|last6=Torres-Barceló|first6=C.|last7=Sanjuán|first7=R.|display-authors=3|year=2008|title=Experimental evolution of plant RNA viruses|url=https://archive.org/details/sim_heredity_2008-05_100_5/page/478|journal=Heredity|volume=100|issue=5|pages=478–483|doi=10.1038/sj.hdy.6801088|pmc=7094686|pmid=18253158|doi-access=free}}</ref> [[International Committee on Taxonomy of Viruses|Mednarodni odbor za taksonomijo virusov]] od leta 1962 naprej razvija univerzalno shemo za razvrščanje virusov, kar je stabiliziralo in poenotilo taksonomijo virusov.<ref>{{Navedi knjigo|title=Virus Taxonomy Classification and Nomenclature of Viruses: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses|last=King|first=Andrew M.Q.|last2=Lefkowitz|first2=E.|last3=Adams|first3=M. J.|last4=Carstens|first4=E. B.|publisher=Elsevier|year=2012|isbn=978-0-12-384684-6|url=http://www.sciencedirect.com/science/book/9780123846846#ancp4|accessdate=13 April 2017|archiveurl=https://web.archive.org/web/20171210163802/http://www.sciencedirect.com/science/book/9780123846846#ancp4|archivedate=10 December 2017}}</ref><ref name="fauquet2005">{{Navedi časopis|last=Fauquet|first=C. M.|last2=Fargette|first2=D.|year=2005|title=International Committee on Taxonomy of Viruses and the 3,142 unassigned species|journal=Virology Journal|volume=2|pages=64|doi=10.1186/1743-422X-2-64|pmc=1208960|pmid=16105179|doi-access=free}}</ref><ref name="gibbs2013">{{Navedi časopis|last=Gibbs|first=A. J.|year=2013|title=Viral taxonomy needs a spring clean; its exploration era is over|journal=Virology Journal|volume=10|pages=254|doi=10.1186/1743-422X-10-254|pmc=3751428|pmid=23938184|doi-access=free}}</ref>

== Taksonomija in poimenovanje ==
[[Slika:Mountain-lion-01623.jpg|sličica|Puma, gorski lev, panter ali puma, med drugimi običajnimi imeni: njeno znanstveno ime je ''[[Puma|Puma concolor]]'' .]]

=== Domača in znanstvena imena ===
[[Domače ime|Domača imena]] za vrste organizmov so pogosto dvoumna: »mačka« bi lahko pomenila domačo mačko, ''[[Domača mačka|Felis catus]]'', ali družino mačk, [[Mačke|Felidae]]. Poleg tega se domača imena pogosto razlikujejo glede na geografsko lokacijo. Na primer, za »pumo« ''[[Puma|Puma concolor]]'' v različnih delih Amerike uporabljajo različna imena, kot so cougar, catamount, panter in gorski lev, medtem ko »panter« lahko v Latinski Ameriki pomeni [[Jaguar|jaguarja]] (''Panthera onca''), v Afriki in Aziji pa [[Leopard|leoparda]] (''Panthera pardus''). V nasprotju s tem so znanstvena imena vrst zasnovana tako, da so enolična in univerzalna (razen nekaterih medkodeksnih [[homonim|homonimov]], kjer imata lahko dve različni vrsti iz različnih organizmov, na primer rastline in živali, isto znanstveno ime). Sestavljena so [[Dvočlensko poimenovanje|iz dveh delov, ki se uporabljata skupaj]]: [[Rod (biologija)|rod]] (npr. ''Puma)'' in [[Posebno ime (zoologija)|specifični epitet]] (npr. ''concolor)''.<ref>{{Navedi splet|title=A Word About Species Names&nbsp;...|url=http://www.sms.si.edu/irlspec/NamSpecies.htm|publisher=Smithsonian Marine Station at Fort Pierce|accessdate=11 March 2017|archiveurl=https://web.archive.org/web/20170324161039/http://www.sms.si.edu/IRLSpec/NamSpecies.htm|archivedate=24 March 2017}}</ref><ref>{{Navedi novice|last=Hone|first=Dave|title=What's in a name? Why scientific names are important|url=https://www.theguardian.com/science/lost-worlds/2013/jun/19/dinosaurs-fossils|accessdate=11 March 2017|work=The Guardian|date=19 June 2013|archiveurl=https://web.archive.org/web/20170215220511/https://www.theguardian.com/science/lost-worlds/2013/jun/19/dinosaurs-fossils|archivedate=15 February 2017}}</ref>

=== Opis vrste ===
[[Slika:Lacerta_plica_holotype_-_ZooKeys-355-049-g005.jpg|sličica|[[Tip (biologija)|Tipski primerek]] ([[holotip]]) ''[[Plica plica|Lacerta plica]]'', ki ga je opisal [[Carl Linnaeus|Linnaeus]] leta 1758]]Vrsta dobi [[taksonomija|taksonomsko]] ime, ko je [[Tip (biologija)|tipski primerek]] uradno opisan v znanstveni publikaciji, ki mu dodeli edinstveno znanstveno ime. Opis nove vrste vsebuje podrobnosti, ki omogočajo njeno prepoznavo in razlikovanje od drugih že znanih vrst. To prepoznavanje ni nujno povezano samo z zunanjim videzom (morfologijo),<ref>{{Navedi časopis|last=Lawley|first=Jonathan W.|last2=Gamero-Mora|first2=Edgar|last3=Maronna|first3=Maximiliano M.|last4=Chiaverano|first4=Luciano M.|last5=Stampar|first5=Sérgio N.|last6=Hopcroft|first6=Russell R.|last7=Collins|first7=Allen G.|last8=Morandini|first8=André C.|date=2022-09-29|title=Morphology is not always useful for diagnosis, and that's ok: Species hypotheses should not be bound to a class of data. Reply to Brown and Gibbons (S Afr J Sci. 2022;118(9/10), Art. #12590)|url=https://sajs.co.za/article/view/14495|journal=South African Journal of Science|volume=118|issue=9/10|doi=10.17159/sajs.2022/14495|doi-access=free}}</ref> še posebej pri [[Kriptična vrsta|kriptičnih vrstah]], ki so si lahko zelo podobne na videz, a se razlikujejo po drugih značilnostih, kot je genetika. Ko je opis nove vrste sprejet zagotavlja [[veljavno objavljeno ime]] (v botaniki) ali [[razpoložljivo ime]] (v zoologiji). Gradivo, ki je bilo uporabljeno za opis nove vrste, je običajno shranjeno v trajnem arhivu, pogosto v raziskovalni zbirki muzeja ali univerze. To omogoča drugim znanstvenikom neodvisno preverjanje in primerjavo primerkov.<ref name="ICZNexampleabstract">One example of an abstract of an article naming a new species can be found at {{Navedi časopis|last=Wellner|first=S.|last2=Lodders|first2=N.|last3=Kämpfer|first3=P.|year=2012|title=''Methylobacterium cerastii'' sp. nov., a novel species isolated from the leaf surface of ''Cerastium holosteoides''|journal=International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology|volume=62|issue=Pt 4|pages=917–924|doi=10.1099/ijs.0.030767-0|pmid=21669927|doi-access=free}}</ref><ref name="Hitchcock">{{Citat|last=Hitchcock|first=A. S.|year=1921|title=The Type Concept in Systematic Botany|journal=American Journal of Botany|volume=8|number=5|pages=251–255|jstor=2434993|doi=10.2307/2434993|url=https://www.biodiversitylibrary.org/part/314424}}</ref><ref name="Smithsonian">{{Navedi splet|last=Nicholson|first=Dan H.|title=Botanical nomenclature, types, & standard reference works|url=http://botany.si.edu/references/botlinks/dhntyp.htm|publisher=Smithsonian National Museum of Natural History, Department of Botany|accessdate=17 November 2015|archiveurl=https://web.archive.org/web/20150916184608/http://botany.si.edu/references/botlinks/dhntyp.htm|archivedate=16 September 2015}}</ref> Znanstveniki, ki opisujejo nove vrste, so naprošeni, da izbirajo imena, ki so po priporočilih [[Mednarodni kodeks zoološke nomenklature|Mednarodnega kodeksa zoološke nomenklature]] »primerna,  jedrnata, melodična, zapomnljiva in ne žalijo«.<ref name="ICZNRec25C">{{Navedi splet|accessdate=18 June 2011|url=http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/|title=International Code of Zoological Nomenclature, Recommendation 25C|archiveurl=https://web.archive.org/web/20110608184753/http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/|archivedate=8 June 2011}}</ref>

=== Okrajšave ===
V knjigah in člankih avtorji včasih namerno ne navedejo celotnega imena vrste, ampak namesto tega uporabijo okrajšavo »sp.« v ednini ali »spp.« (označuje ''species pluralis'', latinsko za »več vrst«) v množini. Namesto natančnega imena vrste ali epiteta uporabijo samo ime rodu (npr. ''Canis'' sp.). To se običajno zgodi, ko so avtorji prepričani, da določeni organizmi pripadajo določenemu rodu, vendar niso prepričani, kateri vrsti pripadajo, kot je to običajno v [[Paleontologija|paleontologiji]].<ref name="winston">{{Navedi knjigo|last=Winston|first=Judith E.|title=Describing species. Practical taxonomic procedure for biologists|publisher=Columbia University Press|location=New York|year=1999|pages=141–144}}</ref>

Avtorji lahko uporabljajo tudi »spp.« kot na kratko povedano, kot kratek način za izražanje, da nekaj velja za več vrst znotraj določenega rodu, vendar ne nujno za vse vrste v tem rodu. Če znanstveniki mislijo, da nekaj velja za vse vrste v rodu, uporabijo samo ime rodu brez natančnega imena vrste ali epiteta. Imena [[Rod (biologija)|rodov]] in vrst se običajno pišejo v [[ležeča pisava|ležeči pisavi]]. Vendar pa se okrajšave, kot sta »sp.« in »spp.«, ne pišejo v ležeči pisavi.<ref name="winston2">{{Navedi knjigo|last=Winston|first=Judith E.|title=Describing species. Practical taxonomic procedure for biologists|publisher=Columbia University Press|location=New York|year=1999|pages=141–144}}</ref>

Kadar identiteta vrste ni jasna, lahko strokovnjak uporabi »cf.« pred epitetom, kar označuje, da je treba identifikacijo vrste še potrditi. Okrajšavi »nr.« (blizu) ali »aff.« (soroden) se lahko uporabita, kadar je identiteta vrste nejasna, vendar se zdi, da je vrsta podobna tisti, ki je navedena za okrajšavo.<ref name="winston3">{{Navedi knjigo|last=Winston|first=Judith E.|title=Describing species. Practical taxonomic procedure for biologists|publisher=Columbia University Press|location=New York|year=1999|pages=141–144}}</ref>

=== Identifikacijske kode ===
Z razvojem spletnih baz podatkov so oblikovali posebne kode za zagotavljanje identifikatorjev za vrste, ki služijo kot enolični identifikatorji za že opredeljene vrste:

* [[Nacionalni center za biotehnološke informacije]] (NCBI) uporablja numerično kodo 'taksid' ali ''taksonomski identifikator'', »stabilen enoličen identifikator«, npr. taksid za ''[[Homo sapiens]]'' je 9606.<ref>{{Navedi splet|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=9606&lvl=3&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock|title=Home – Taxonomy – NCBI|publisher=Ncbi.nlm.nih.gov|date=19 October 2012|accessdate=25 November 2012|archiveurl=https://web.archive.org/web/20180207144820/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=9606&lvl=3&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock|archivedate=7 February 2018}}</ref>
* [[KEGG|Kjotska enciklopedija genov in genomov]] (KEGG) uporablja tri- ali štiričrkovne kode za omejeno število organizmov; v tej kodi je na primer  za ''H. sapiens'' uporabljena koda ''hsa''.<ref>{{Navedi splet|url=http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html|title=KEGG Organisms: Complete Genomes|publisher=Genome.jp|accessdate=25 November 2012|archiveurl=https://web.archive.org/web/20121014160440/http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html|archivedate=14 October 2012}}</ref>
* [[UniProt]] uporablja »mnemoniko« , ki vsebujejo največ pet alfanumeričnih znakov, npr. za ''H. sapiens je oznaka HUMAN''.<ref>{{Navedi splet|url=https://www.uniprot.org/help/taxonomy|title=Taxonomy|website=Uniprot.org|accessdate=25 November 2012|archiveurl=https://web.archive.org/web/20121127091404/http://www.uniprot.org/help/taxonomy|archivedate=27 November 2012}}</ref>
* [[Integrirani taksonomski informacijski sistem]] (ITIS) vsaki vrsti dodeli enolično številko. Za ''Homo sapiens'' je LSID <span rel="mw:ExtLink nofollow" class="external free"><nowiki>urn:lsid:catalogueoflife.org:taxon:4da6736d-d35f-11e6-9d3f-bc764e092680:col20170225</nowiki></span>.<ref>{{Navedi splet|title=ITIS: Homo sapiens|url=http://www.catalogueoflife.org/col/details/species/id/e3b90576561f93a8ac8b59e185b01511/synonym/ee0f23e7dd7ddbf69de58c0abba12e5b|publisher=Catalogue of Life|accessdate=11 March 2017|archiveurl=https://web.archive.org/web/20170312194754/http://www.catalogueoflife.org/col/details/species/id/e3b90576561f93a8ac8b59e185b01511/synonym/ee0f23e7dd7ddbf69de58c0abba12e5b|archivedate=12 March 2017}}</ref>

=== Združevanje in deljenje ===
Odločitev o tem, kako poimenovati neko vrsto in v kateri rod ali višje taksone jo uvrstiti, ''hipoteza''.  Ta se lahko spremeni, ko znanstveniki pridobijo nove podatke, ki lahko hipotezo potrdijo ali zavrnejo. V preteklosti, ko je bila komunikacija med znanstveniki otežena, so posamezni raziskovalci pogosto isto vrsto poimenovali drugače, saj so delali neodvisno drug od drugega. Ko se ugotovi, da dve imeni opisujeta isti organizem, ima prednost starejše ime, novejše pa se smatra kot sinonim. Ta postopek poimenovanja se imenuje ''[[Sinonim (taksonomija)|sinonimija]]''.Ko se znanstveniki odločijo, da določeno skupino organizmov (taksone) razdelijo na manjše, bolj specifične skupine, temu pravimo ''deljenje''. Taksonomisti so med svojimi kolegi pogosto imenovani kot »združevalci« ali »delivci«, odvisno od njihovega osebnega pristopa k prepoznavanju razlik ali podobnosti med organizmi.<ref>{{Navedi časopis|last=Simpson|first=George Gaylord|author-link=George Gaylord Simpson|year=1945|title=The Principles of Classification and a Classification of Mammals|journal=Bulletin of the American Museum of Natural History|volume=85|page=23}}</ref><ref>{{Navedi časopis|last=Chase|first=Bob|date=2005|title=Upstart Antichrist|journal=History Workshop Journal|volume=60|issue=1|pages=202–206|doi=10.1093/hwj/dbi042}}</ref><ref name="winston4">{{Navedi knjigo|last=Winston|first=Judith E.|title=Describing species. Practical taxonomic procedure for biologists|publisher=Columbia University Press|location=New York|year=1999|pages=141–144}}</ref> Odločitev o tem, kako široko ali ozko opredeliti takson (npr. rod, vrsto), je prepuščena strokovnjakom in ni strogo določena z kodeksi zoološke ali botanične nomenklature, , kar je drugače kot v drugih znanstvenih disciplinah, kjer so tehnični izrazi natančno opredeljeni.<ref name="Laurin 2023 logical">{{Navedi časopis|last=Laurin|first=Michel|date=23 July 2023|title=The PhyloCode : The logical outcome of millennia of evolution of biological nomenclature?|url=https://doi.org/10.1111/zsc.12625|journal=Zoologica Scripta|language=en|volume=52|issue=6|pages=543–555|doi=10.1111/zsc.12625|issn=0300-3256}}</ref><ref name="Laurin 2023 Advent">{{Navedi knjigo|last=Laurin|first=Michel|title=The Advent of PhyloCode: The Continuing Evolution of Biological Nomenclature|date=3 August 2023|publisher=CRC Press|isbn=978-1-003-09282-7|page=xv + 209|doi=10.1201/9781003092827|url=https://www.taylorfrancis.com/books/mono/10.1201/9781003092827/advent-phylocode-michel-laurin}}</ref>

=== Širok in ozek pomen ===
Mednarodni kodeksi za poimenovanje vrst, kot sta [[Mednarodni kodeks zoološke nomenklature|ICZN]] za živali in [[Mednarodni kodeks nomenklature za alge, glive in rastline|ICN]] za rastline, ne določajo pravil za določanje meja vrst. in novi podatki lahko spremenijo, kako se vrsta definira, kar pomeni, da se lahko njene meje spremenijo, kar imenujemo obseg vrste (''circumscription''). Ko se meje vrst razlikujejo glede na različne znanstvene definicije, se lahko uporablja izraz ''[[sensu stricto]]'' ('v ožjem pomenu'), ki označuje, da gre za natančno definicijo vrste, kot jo je opisal izvirni avtor. [[Protipomenka|Nasprotni izraz]] ''sensu lato'' ('v širšem pomenu') se uporablja za širše opredelitve, ki lahko vključujejo dodatne podvrste ali širši nabor organizmov. Različne okrajšave, kot sta 'auct.' ('avtor') in kvalifikatorji, kot je 'non' ('ne'), pomagajo pojasniti, kateri avtorji so uporabili določene definicije vrst in kako se te opredelitve razlikujejo od drugih.<ref name="winston5">{{Navedi knjigo|last=Winston|first=Judith E.|title=Describing species. Practical taxonomic procedure for biologists|publisher=Columbia University Press|location=New York|year=1999|pages=141–144}}</ref><ref>{{Navedi splet|last=Wilson|first=Philip|title=sensu stricto, sensu lato|url=http://www.treeterms.co.uk/definitions/sensu-stricto-sensu-lato|website=AZ of tree terms|date=2016|accessdate=9 January 2018|archiveurl=https://web.archive.org/web/20180110054734/http://www.treeterms.co.uk/definitions/sensu-stricto-sensu-lato|archivedate=10 January 2018}}</ref><ref>{{Navedi splet|title=Glossary: sensu|url=http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/index.jsp?booksection=glossary&nfv=true|publisher=[[International Commission on Zoological Nomenclature]]|accessdate=9 January 2018|archiveurl=https://web.archive.org/web/20170802164704/http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/index.jsp?booksection=glossary&nfv=true|archivedate=2 August 2017}}</ref>

== Spremembe ==
Vrste se sčasoma spreminjajo; lahko se razvijejo v nove vrste, <ref name="Barton">{{Navedi časopis|last=Barton|first=N. H.|date=June 2010|title=What role does natural selection play in speciation?|journal=Philosophical Transactions of the Royal Society B|volume=365|issue=1547|pages=1825–1840|doi=10.1098/rstb.2010.0001|pmc=2871892|pmid=20439284}}</ref> si izmenjujejo gene z drugimi vrstami, <ref name="Vaux">{{Navedi časopis|last=Vaux|first=Felix|last2=Trewick|first2=Steven A.|last3=Morgan-Richards|first3=Mary|year=2017|title=Speciation through the looking-glass|journal=Biological Journal of the Linnean Society|volume=120|issue=2|pages=480–488|doi=10.1111/bij.12872|doi-access=free}}</ref> se združujejo z drugimi vrstami ali izumrejo.{{Sfn|Zachos|2016|pp=77–96}}

=== Speciacija ===
{{Glavni|Speciacija}}
[[Evolucija|Evolucijski]] proces, pri katerem se biološke populacije organizmov, ki se spolno razmnožujejo, razvijejo v ločene vrste ali postanejo dovolj različne, da se med seboj ne morejo več uspešno razmnoževati, imenujemo [[speciacija]].<ref name="Cook">{{Navedi časopis|last=Cook|first=Orator F.|author-link=Orator F. Cook|date=30 March 1906|title=Factors of species-formation|url=https://zenodo.org/record/1447954|journal=[[Science (journal)|Science]]|volume=23|issue=587|pages=506–507|bibcode=1906Sci....23..506C|doi=10.1126/science.23.587.506|pmid=17789700}}</ref><ref>{{Navedi časopis|last=Cook|first=Orator F.|author-link=Orator F. Cook|date=November 1908|title=Evolution Without Isolation|url=https://archive.org/details/sim_american-naturalist_1908-11_42_503/page/727|journal=[[The American Naturalist]]|volume=42|issue=503|pages=727–731|doi=10.1086/279001}}</ref> [[Charles Darwin]] je bil prvi, ki je opisal vlogo [[Naravni izbor|naravnega izbora]] v speciaciji v svoji knjigi ''[[O nastanku vrst]]'' iz leta 1859.<ref>{{Navedi časopis|last=Via|first=Sara|date=16 June 2009|title=Natural selection in action during speciation|journal=[[Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America|Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.]]|volume=106|issue=Suppl 1|pages=9939–9946|bibcode=2009PNAS..106.9939V|doi=10.1073/pnas.0901397106|pmc=2702801|pmid=19528641|doi-access=free}}</ref> Speciacija je odvisna od stopnje [[reprodukcijska izolacija|reproduktivne izolacije]], zmanjšanega pretoka genov. To se najlažje zgodi pri [[Alopatrična speciacija|alopatrični]] speciaciji, ko so populacije geografsko ločene in se lahko postopoma razlikujejo, saj se mutacije kopičijo. Reproduktivna izolacija se lahko poruši, če se populacije med seboj križajo (hibridizacija), vendar se to lahko selektivno zavrača, ko imata par populacij nezdružljive [[alel]]e istega gena, kot to opisuje [[Bateson–Dobzhansky–Mullerjev model]].<ref name="Barton2">{{Navedi časopis|last=Barton|first=N. H.|date=June 2010|title=What role does natural selection play in speciation?|journal=Philosophical Transactions of the Royal Society B|volume=365|issue=1547|pages=1825–1840|doi=10.1098/rstb.2010.0001|pmc=2871892|pmid=20439284}}</ref> Drugačen mehanizem, filetična speciacija, vključuje proces, kjer se ena linija sčasoma spremeni v novo obliko ([[kronovrsta]]), ne da bi nastalo več ločenih vrst;.<ref name="Mayr1982">{{Navedi časopis|last=Mayr|first=Ernst|author-link=Ernst Mayr|year=1982|title=Speciation and Macroevolution|url=https://archive.org/details/sim_evolution_1982-11_36_6/page/1119|journal=Evolution|volume=36|issue=6|pages=1119–1132|doi=10.1111/j.1558-5646.1982.tb05483.x|pmid=28563569|doi-access=free}}</ref>

=== Izmenjava genov med vrstami ===
[[Slika:Tree_Of_Life_(with_horizontal_gene_transfer).svg|sličica|[[Horizontalni prenos genov|Horizontalni prenosi genov]] med močno ločenimi vrstami otežujejo filogenijo [[Bakterije|bakterij]].]]
[[Horizontalni prenos genov]] med organizmi različnih vrst, ki se lahko zgodi prek [[Križanec|hibridizacije]], [[antigenski premik|antigenskega premika]] ali [[Prerazvrščanje|prerazvrščanja]], je včasih pomemben vir genetske variacije. Virusi so sposobni prenosa genov med vrstami. Bakterije lahko izmenjujejo plazmide z bakterijami drugih vrst, vključno z nekaterimi navidezno sorodnimi v različnih filogenetskih [[Tridomenski sistem|domenah]], kar otežuje njihovo tazvrščanje in slabi koncept opredelitev bakterijskih vrst.<ref>{{Navedi časopis|last=Pennisi|first=Elizabeth|author-link=Elizabeth Pennisi|year=2004|title=Researchers Trade Insights about Gene Swapping|url=http://www2.nau.edu/~bah/BIO471/Reader/Pennisi_2003.pdf|url-status=dead|journal=Science|volume=334–335|page=335|archive-url=https://web.archive.org/web/20060218071130/http://www2.nau.edu/~bah/BIO471/Reader/Pennisi_2003.pdf|archive-date=18 February 2006}}</ref><ref name="Melcher">{{Navedi splet|url=http://bioinfosu.okstate.edu/MG/MGW3/MG334.html|last=Melcher|first=Ulrich|date=2001|title=Molecular genetics: Horizontal gene transfer|publisher=Oklahoma State University|archiveurl=https://web.archive.org/web/20160304071146/http://bioinfosu.okstate.edu/MG/MGW3/MG334.html|archivedate=4 March 2016}}</ref><ref>{{Navedi časopis|last=Zhaxybayeva|first=Olga|last2=Peter Gogarten|first2=J.|year=2004|title=Cladogenesis, coalescence and the evolution of the three domains of life|url=http://web.uconn.edu/gogarten/articles/TIG2004_cladogenesis_paper.pdf|url-status=live|journal=Trends in Genetics|volume=20|issue=4|pages=182–187|doi=10.1016/j.tig.2004.02.004|pmid=15041172|archive-url=https://web.archive.org/web/20090326181517/http://web.uconn.edu/gogarten/articles/TIG2004_cladogenesis_paper.pdf|archive-date=26 March 2009}}</ref><ref name="Vaux2">{{Navedi časopis|last=Vaux|first=Felix|last2=Trewick|first2=Steven A.|last3=Morgan-Richards|first3=Mary|year=2017|title=Speciation through the looking-glass|journal=Biological Journal of the Linnean Society|volume=120|issue=2|pages=480–488|doi=10.1111/bij.12872|doi-access=free}}</ref>

Louis-Marie Bobay in Howard Ochman na podlagi analize genomov številnih vrst bakterij predlagata, menita, da bakterije, podobno kot rastline in živali, lahko tvorijo »skupnosti, kjer se pogosto izmenjujejo geni«, ki so primerljive z reproduktivno izoliranimi populacijami rastlin in živali. Bakterije lahko tako tvorijo vrste, podobno kot pri Mayrjevemu konceptu biološke vrste, ki jo sestavljajo nespolno razmnožujoče se populacije, ki izmenjujejo gene s homologno rekombinacijo.<ref name="Venton2017">{{Navedi časopis|last=Venton|first=Danielle|year=2017|title=Highlight: Applying the Biological Species Concept across All of Life|journal=Genome Biology and Evolution|volume=9|issue=3|pages=502–503|doi=10.1093/gbe/evx045|pmc=5381533|pmid=28391326}}</ref><ref name="BobayOchman2017">{{Navedi časopis|last=Bobay|first=Louis-Marie|last2=Ochman|first2=Howard|year=2017|title=Biological Species Are Universal across Life's Domains|journal=Genome Biology and Evolution|volume=9|issue=3|pages=491–501|doi=10.1093/gbe/evx026|pmc=5381558|pmid=28186559}}</ref>

=== Izumrtje ===
{{Nadaljnje informacije|Izumrtje|Množično izumrtje}}
Vrsta izumre, ko umre [[Endling|zadnji posameznik]] te vrste. Vendar pa lahko vrsta postane [[Funkcionalno izumrtje|funkcionalno izumrla]] že prej. Ocenjuje se, da je več kot 99 odstotkov vseh vrst, ki so kdaj živele na Zemlji, zdaj izumrlih. Izumrtje mnogih vrst se je zgodilo v obdobjih [[Množično izumrtje|množičnih izumrtj]], na primer ob koncu [[Ordovicij|ordovicija]], [[Devon (geološka doba)|devona]], [[Perm|perma]], [[Trias|triasa]] in [[Kreda|krede]]. Množična izumrtja so imela številne vzroke, vključno z [[Ognjenik|vulkanskimi izbruhi]], [[Podnebna spremenljivost|podnebnimi spremembami]] in spremembami v kemični sestavi oceanov in ozračja, kar je nato močno vplivalo na ekologijo, atmosfero, kopenske površine in vode na Zemlji.<ref>{{Navedi knjigo|editor-last=Kunin|editor-first=W. E.|title=The Biology of Rarity: Causes and consequences of rare–common differences|url=https://books.google.com/books?id=4LHnCAAAQBAJ&pg=PA110|date=1996|publisher=Springer|isbn=978-0-412-63380-5|archiveurl=https://web.archive.org/web/20150905164104/https://books.google.com/books?id=4LHnCAAAQBAJ&pg=PA110&lpg=PA110&dq|archivedate=5 September 2015}}</ref><ref name="StearnsStearns20002">{{Navedi knjigo|last=Stearns|first=Beverly Peterson|last2=Stearns|first2=Stephen C.|title=Watching, from the Edge of Extinction|location=New Haven, London|url=https://books.google.com/books?id=0BHeC-tXIB4C&q=99%20percent|year=2000|publisher=[[Yale University Press]]|isbn=978-0-300-08469-6|page=preface x}}</ref> Včasih vrsta izumre z asimilacijo, kar pomeni, da se združi z drugo vrsto skozi proces hibridizacije. Tako nastala enotna vrsta se imenuje »[[Compilospecies|kompilovrsta]]« (''compilospecies'').{{Sfn|Zachos|2016|p=82}}

== Zgodovina ==

=== Klasične oblike ===
{{Glavni|Aristotlova biologija}}
[[Aristotel]] je v [[Aristotlova biologija|svoji biologiji]] uporabljal uporabljal posebne izraze, kjer je γένος (génos) označeval širšo skupino organizmov, kot so [[Ptiči|ptice]] ali [[ribe]], medtem ko je εἶδος (eidos) označeval bolj specifične [[Hilomorfizem|oblike]] znotraj teh skupin, na primer (med pticami) [[Žerjavi|žerjav]], [[orel]], [[vrana]] ali [[Vrabci|vrabec]]. Ti izrazi so bili prevedeni v latinščino kot »genus« in »species«, čeprav ne ustrezajo [[Linnejeva taksonomija|Linnejevim sodobnim taksonomskim kategorijam]]; v današnji klasifikaciji so ptice [[Razred (biologija)|razred]], žerjavi [[Družina (biologija)|družina]], vrane pa [[Rod (biologija)|rod]]. Aristotel je ločeval vrste na podlagi njihovih značilnostih; na primer, ptica ima perje, kljun, krila, jajce s trdo lupino in toplo kri. Oblika (»eidos«) je bila nekaj, kar je bilo skupno vsem primerkom te oblike, mladiči pa so podedovali morebitne različice od svojih staršev. Aristotel je bil prepričan, da so vse vrste in oblike jasno ločene in da se ne spreminjajo skozi čas. Pomembneje pa je, da sta bila izraza γένος (génos) in εἶδος (eidos) v Aristotelovih delih relativna; takson, ki se v določenem kontekstu šteje za eidos, se lahko v drugem obravnava kot génos in se nadalje deli na eide (množina eidosa).<ref name="Pellegrin 1986">{{Navedi knjigo|last=Pellegrin|first=Pierre|title=Aristotle's classification of animals: biology and the conceptual unity of the Aristotelian corpus|url=https://archive.org/details/aristotlesclassi00pell_0|date=1986|publisher=Univ. of California Pr|location=Berkeley, Calif.|isbn=0520055020|page=xiv + 235}}</ref><ref name="Laurin & Humar 2022">{{Navedi časopis|last=Laurin|first=Michel|last2=Humar|first2=Marcel|date=10 January 2022|title=Phylogenetic signal in characters from Aristotle's History of Animals|journal=Comptes Rendus Palevol|language=fr|issue=1|doi=10.5852/cr-palevol2022v21a1|doi-access=free}}</ref> Njegov način razmišljanja in klasifikacije je močno vplival na naravoslovje vse do [[Renesansa|renesanse]]<ref name="Leroi88">{{Navedi knjigo|last=Leroi|first=Armand Marie|authorlink=Armand Marie Leroi|title=The Lagoon: How Aristotle Invented Science|url=https://archive.org/details/lagoonhowaristot0000lero_m5a9|publisher=Bloomsbury|date=2014|isbn=978-1-4088-3622-4|pages=[https://archive.org/details/lagoonhowaristot0000lero_m5a9/page/88 88]–90}}</ref> in ima še danes, čeprav manjši, vpliv na razumevanje biologije.<ref name="Rigato & Minelli 2013">{{Navedi časopis|last=Rigato|first=Emanuele|last2=Minelli|first2=Alessandro|date=28 June 2013|title=The great chain of being is still here|url=http://www.evolution-outreach.com/content/6/1/18|journal=Evolution: Education and Outreach|volume=6|issue=1|pages=18|doi=10.1186/1936-6434-6-18|issn=1936-6434|doi-access=free}}</ref>

=== Nespremenljive vrste ===
{{Glavni|Lestvica narave}}
[[Slika:John_Ray_from_NPG.jpg|desno|sličica|[[John Ray]] je zagovarjal idejo, da vrste ohranjajo svoje specifične značilnosti skozi generacije in da potomci vedno ohranijo glavne značilnosti svojih staršev, čeprav obstajajo razlike.]]
[[Slika:Carl_von_Linné.jpg|sličica|[[Carl Linnaeus]] je ustvaril binomski sistem za poimenovanje vrst.]]
V  [[Zgodnji novi vek|zgodnjem novem veku]] so znanstveniki in naravoslovci začeli razvijati sisteme za razvrščanje in organizacijo živih bitij. Prvi poskusi klasifikacije niso bili znanstveno utemeljeni po današnjih standardih in so temeljili na površinskih podobnostih. Nekateri razvrstitveni sistemi so na primer združevali rastline z enakimi barvami cvetov (vse rastline z rumenimi cvetovi) ali pa so živali razvrščali po vedenju (kače, škorpijoni in nekatere grizeče mravlje). [[John Ray]], angleški naravoslovec, je leta 1686 prvi poskušal podati biološko definicijo vrste, kot sledi:

{{Citatni blok|Nobeno zanesljivejše merilo za določanje vrste mi ni prišlo na misel kot značilnosti, ki se ohranjajo pri razmnoževanju iz semena. Torej, ne glede na to, kakšne variacije se pojavijo pri posameznikih ali vrstah, če izvirajo iz semena ene in iste rastline, so to naključne variacije in ne zadostujejo, da bi se določila nova vrsta&nbsp;... Živali, ki se prav tako razlikujejo specifično, ohranjajo svoje ločene vrste trajno; ena vrsta nikoli ne izvira iz semena druge in obratno.<ref>{{cite book |last=Ray |first=John |author-link=John Ray |title=Historia plantarum generalis, Tome I, Libr. I |date=1686<!--that volume--> |page=Chap. XX, page 40}}, navedeno v {{cite book |last=Mayr |first=Ernst |year=1982 |title=The growth of biological thought: diversity, evolution, and inheritance |url=https://archive.org/details/growthofbiologic00mayr |url-access=registration |publisher=Belknap Press |page=[https://archive.org/details/growthofbiologic00mayr/page/256 256]|isbn=9780674364455 }}</ref>}}
V 18. stoletju je švedski znanstvenik [[Carl Linnaeus]] vzpostavil sistem razvrščanja organizmov, ki je temeljil na njihovih skupnih značilnostih in ne zgolj na podlagi razlik.<ref>{{Navedi knjigo|last=Davis|first=P. H.|last2=Heywood|first2=V. H.|year=1973|title=Principles of Angiosperm Taxonomy|location=Huntington, NY|publisher=Robert E. Krieger Publishing Company|page=17}}</ref> Skupaj z drugimi sistematiki tistega časa<ref name="Magnol 1689">{{Navedi knjigo|last=Magnol|first=Petrus|title=Prodromus historiae generalis plantarum in quo familiae plantarum per tabulas disponuntur|date=1689|publisher=Pech|pages=79|url=https://books.google.com/books?id=RShVAAAAcAAJ&dq=Prodromus+historiae+generalis+plantarum+in+quo+familiae+plantarum+per+tabulas+disponuntur&pg=PA1|language=la}}</ref><ref name="Tournefort 1694">{{Navedi knjigo|last=Tournefort|first=Joseph Pitton de (1656-1708) Auteur du texte|title=Elemens de botanique, ou Methode pour connoître les plantes. I. [Texte.] / . Par Mr Pitton Tournefort... [T. I-III]|date=1694|publisher=L’Imprimerie Royale|location=Paris|pages=562|url=https://gallica.bnf.fr/ark:/12148/btv1b8454361d/f9.item|language=EN}}</ref><ref name="Jussieu 1789">{{Navedi knjigo|last=Jussieu|first=Antoine-Laurent de|title=Antonii Laurentii de Jussieu ... Genera plantarum secundum ordines naturales disposita: juxta methodum in horto regio Parisiensi exaratam, anno M.DCC.LXXIV..|date=1789|publisher=Apud viduam Herissant, typographum, viâ novâ B.M. sub signo Crucis Aureæ. Et Theophilum Barrois, ad ripam Augustinianorum.|pages=498|url=https://books.google.com/books?id=ctEsqqV0LHoC&dq=Genera+plantarum+secundum+ordines+naturales+disposita+juxta+methodum+in+horto+regio+parisiensi+exaratam%2C+anno+1774&pg=PA1|language=la}}</ref> je razvil idejo [[taksonomija|taksonomske]] hierarhije, kjer so bili organizmi razporejeni v različne skupine na podlagi opaznih značilnostih in naj bi odražala naravne povezave med njimi.<ref>{{Navedi knjigo|first=James L.|last=Reveal|first2=James S.|last2=Pringle|title=Flora of North America|year=1993|chapter=7. Taxonomic Botany and Floristics|publisher=Oxford University Press|isbn=978-0-19-505713-3|pages=160–161}}</ref><ref>{{Navedi knjigo|first=George Gaylord|last=Simpson|authorlink=George Gaylord Simpson|year=1961|title=Principles of Animal Taxonomy|url=https://archive.org/details/principlesofanim0000simp_h9n2|publisher=Columbia University Press|pages=[https://archive.org/details/principlesofanim0000simp_h9n2/page/56 56]–57}}</ref> V tistem času pa je še vedno veljalo prepričanje ,da vrste niso biološko povezane med seboj (razen morda med tistimi znotraj istega rodu),<ref name="Laurin 2023 Advent2">{{Navedi knjigo|last=Laurin|first=Michel|title=The Advent of PhyloCode: The Continuing Evolution of Biological Nomenclature|date=3 August 2023|publisher=CRC Press|isbn=978-1-003-09282-7|page=xv + 209|doi=10.1201/9781003092827|url=https://www.taylorfrancis.com/books/mono/10.1201/9781003092827/advent-phylocode-michel-laurin}}</ref> ne glede na to, kako podobne so si bile. To prepričanje je izviralo iz filozofskih in religioznih pogledov, po katerih so vse vrste bile ustvarjene kot ločene enote, zasnovane od Boga. Ta pogled se je odražal v konceptu [[Aristotelizem|aristotelske]] hierarhije, [[Lestvica narave|''scala naturae'' ali lestvica narave]]. Čeprav je bila ta lestvica pogosto razumljena kot fiksna in nespremenljiva, ''je scala'' (lestev) sama po sebi nakazovala potencial za napredek ali spremembe.<ref>{{Navedi časopis|last=Mahoney|first=Edward P.|year=1987|title=Lovejoy and the Hierarchy of Being|journal=Journal of the History of Ideas|volume=48|issue=2|pages=211–230|doi=10.2307/2709555|jstor=2709555}}</ref>

=== Spremenljivost ===
Linnaeus je pri preučevanju hibridizacije (križanja različnih vrst) spoznal, da vrste niso povsem nespremenljive. Kljub temu ni verjel, da lahko hibridizacija privede do nastanka popolnoma novih vrst. Namesto tega je ohranjal tradicionalen pogled, da so vrste ustvarjene od Boga in lahko spremenijo svoje lastnosti le prek hibridizacije ali prilagajanja na okolje (aklimatizacije).<ref>{{Navedi splet|title=Carl Linnaeus (1707–1778)|url=http://www.ucmp.berkeley.edu/history/linnaeus.html|publisher=UCMP Berkeley|accessdate=24 January 2018|archiveurl=https://web.archive.org/web/20110430160025/http://www.ucmp.berkeley.edu/history/linnaeus.html|archivedate=30 April 2011}}</ref> Do 19. stoletja so naravoslovci začeli priznavati, da se vrste lahko spreminjajo skozi čas in da zgodovina planeta ponuja dovolj časa za pomembne evolucijske spremembe. [[Jean-Baptiste de Lamarck|Jean-Baptiste Lamarck]] je v svoji ''Zoološki filozofiji'' leta 1809 opisal [[Transmutacija vrst|transmutacijo vrst]], pri čemer je predlagal, da se vrste sčasoma lahko preoblikujejo v druge vrste, kar je bil radikalen odmik od Aristotelove ideje.<ref>{{Navedi knjigo|last=Gould|first=Stephen Jay|authorlink=Stephen Jay Gould|title=The Structure of Evolutionary Theory|year=2002|publisher=Belknap Harvard|location=Harvard|isbn=978-0-674-00613-3|pages=[https://archive.org/details/structureofevolu00goul/page/170 170–197]}}</ref>

Leta 1859 sta [[Charles Darwin]] in [[Alfred Russel Wallace]] podala opis [[Evolucija|evolucije]] in nastanka novih vrst. Darwin je trdil, da so se razvile populacije, ne posamezniki. [[Naravni izbor]] deluje na variacije, ki se naravno pojavljajo med posamezniki znotraj populacije.<ref>{{Navedi knjigo|last=Bowler|first=Peter J.|authorlink=Peter J. Bowler|year=2003|title=Evolution: The History of an Idea|edition=3rd|location=Berkeley, CA|publisher=[[University of California Press]]|isbn=978-0-520-23693-6|pages=[https://archive.org/details/evolutionhistory0000bowl_n7y8/page/177 177–223 and passim]|url=https://archive.org/details/evolutionhistory0000bowl_n7y8/page/177}}</ref> Spoznanje o naravni selekciji in evoluciji je pomenilo, da je bilo treba ponovno premisliti, kaj pomeni »vrsta«. Darwin je ugotovil, da so vrste v resnici le človeški pojmi, uporabljeni zaradi praktičnosti pri poimenovanju in prepoznavanju skupin posameznikov, pri čemer je zapisal:{{Citatni blok|Na pojem vrsta gledam kot na nekaj, kar je bilo arbitrarno določeno zaradi priročnosti za niz posameznikov, ki si med seboj močno podobni&nbsp;... Ne razlikuje se bistveno od izraza variacija, ki se uporablja za manj izrazite oblike znotraj vrste. Tudi izraz variacija, v primerjavi z zgolj individualnimi razlikami, se uporablja arbitrarno in zaradi praktičnosti.<ref name="metaphysical">{{cite book |last=Menand |first=Louis |title=The Metaphysical Club: A Story of Ideas in America |year=2001 |publisher=Farrar, Straus and Giroux |isbn=978-0-374-70638-8 |pages=[https://archive.org/details/metaphysicalclub00mena/page/123 123–124] |title-link=The Metaphysical Club: A Story of Ideas in America }}</ref>}}

== Glej tudi ==
{{Div col|colwidth=18em}}
* ''[[Encyclopedia of Life]]''
* [[Ogrožene vrste]]
* [[Sistematika]]
* [[Speciacija]]
{{Div col end}}
{{Clear}}

== Sklici ==
{{sklici}}

== Viri ==
{{refbegin}}
* {{cite book |editor1-last=Claridge |editor1-first=M. F. |editor2-last=Dawah |editor2-first=H. A. |editor3-last=Wilson |editor3-first=M. R. |publisher=[[Chapman & Hall]] |title=Species: The Units of Biodiversity |year=1997 |isbn=978-0-412-63120-7}}
* {{cite book |editor1-last=Wheeler |editor1-first=Quentin |editor1-link=Quentin D. Wheeler |editor2-last=Meier |editor2-first=Rudolf |title=Species Concepts and Phylogenetic Theory: A Debate |publisher=[[Columbia University Press]] |year=2000 |isbn=978-0-231-10143-1 }}
* {{cite book |last=Zachos |first=Frank E. |title=Species Concepts in Biology: Historical Development, Theoretical Foundations and Practical Relevance |publisher=[[Springer Publishing|Springer]] |year=2016 |isbn=978-3-319-44964-7 }}
{{refend}}

== Zunanje povezave ==
{{Wikispecies}}
* [https://species.wikimedia.org/wiki/Main_Page Wikispecies] – The free [[Wikispecies|species directory]] that anyone can edit from the [[Wikimedia Foundation]]
* [http://www.barcodinglife.org/ Barcoding of species]
* [http://www.catalogueoflife.org/ Catalogue of Life]
* [https://web.archive.org/web/20140407073920/http://plato.stanford.edu-online-documents-archive.info/entries/species/ "Species" entry"] v ''[[Stanfordska enciklopedija|Stanfordski enciklopediji]]'' filozofije
* [http://visualtaxa.redgolpe.com/ VisualTaxa]
{{biološke sistematske kategorije}}
{{normativna kontrola}}

[[Kategorija:Znanstvena klasifikacija]]
[[Kategorija:Znanstveno poimenovanje]]
[[Kategorija:Vrste (biologija)| ]]