Različica SARS-CoV-2 delta

Iz Wikipedije, proste enciklopedije
Države s potrjenimi primeri okužb z različico delta (podatki za 10. avgust 2021)
Legenda:
  > 10.000 potrjenih primerov
  5.000–9.999 potrjenih primerov
  1,000–4,999 potrjenih primerovs
  100–999 potrjenih primerov
  10–99 potrjenih primerov
  1–9 potrjenih primerov
  brez potrjenih primerov ali podatek ni na voljo

Različica delta virusa SARS-CoV-2, imenovana tudi varianta delta, linija B.1.617.2 ali neustrezno indijska različica, je ena od virusnih različic SARS-CoV-2, povzročitelja covida 19.[1] Prvič so jo zaznali koncem leta 2020 v Indiji, z grško črko so jo poimenovali 31. maja 2021. Različica delta se je razširila po vsem svetu (do novembra 2022 so jo zaznali v več kot 179 državah).[2]

Med drugim vsebuje mutacije v genu, ki zapisuje konično beljakovino,[3] in sicer substitucije na mestih T478K, P681R in L452R,[4][5] ki vplivajo na kužnost virusa ter na občutljivost proti protitelesom proti predhodno krožečim virusnim različicam.[6] Velja za enega najbolj kužnih virusov nasploh.[7]

Različica delta je v Indiji povzročila drugi kovidni val, ki je bil več kot dvakrat večji od predhodnega vala jeseni 2020.[8] Svetovna zdravstvena organizacija je junija 2021 objavila, da je postala različica delta prevladujoča različica v svetovnem merilu.[2][9]

Kužnost različice delta je v primerjavi z divjim tipom virusa približno dvakrat večja. Krajši je tudi čas od same okužbe do dokaza virusa v organizmu.[10] Raziskava iz Kitajske je pokazala, da je pri bolniku, okuženem z različico delta, virusno breme 1200-krat večje kot pri divjem tipu.[11] Tveganje za hud poteg bolezni, ki zahteva sprejem v bolnišnico, je pri različici delta dvakrat tolikšna kot pri okužbi z različico alfa.[12]

Cepljenje s protikovidnimi cepivi prepreči okužbo vsaj s 50-odstotno učinkovitostjo.[13] Tveganje za hud poteg bolezni in za smrtni izid je pri necepljenih vsaj desetkrat večje kot pri cepljenih.[14] S starostjo zaščita s cepivi upada.[15] Cepljene osebe lahko širijo okužbo v podobnem obsegu kot necepljene.[16]

Junija 2021 so se pojavila prva poročila o primerih okužb z različico delta, ki je vsebovala še dodatno mutacijo K417N.[17] Mutacija, ki jo sicer vsebujeta tudi različici beta in gama, je poskrbela za dodatno zaskrbljenost, zlasti glede zmanjšane učinkovitosti cepiv in zdravil s protitelesi ter zvečanega tveganja za ponovno okužbo že prebolelih oseb.[18] Za različico delta z dodatno mutacijo K417N se je začel uporabljati tudi izraz različica delta plus[19]

Mutacije[uredi | uredi kodo]

Mutacije v dednini
različice delta virusa SARS-CoV-2
Gen Nukleotid Aminokislina
ORF1b P314L
P1000L
virusna konica G142D
T19R
R158G
L452R
T478K
D614G
P681R
D950N
E156del
F157del
beljakovina M (membranska beljakovina) I82T
beljakovina N (nukleokapsidna beljakovina) D63G
R203M
D377Y
ORF3a S26L
ORF7a V82A
T120I
Vira: CDC[21] Covariants.org[22]

Virus različice delta (B.1.617.2) vsebuje v svoji dednini 13 mutacij (15 ali 17 po nekaterih druguh virih), ki povzročajo spremenjene aminokisline v beljakovinah, za katere nosi zapis.[23]

V genu za konično beljakovino vsebuje naslednje mutacije: 19R, (G142D), Δ156-157, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N (po podatkih GVN)[24] oziroma T19R, G142D, del 156-157, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R (po podatkih Genscripta).[25] Štiri med njimi so še posebej zaskrbljujoče in vse te se nahajajo v genu za konično beljakovino:

  • D614G (substitucija asparaginske kisline z glicinom na položaju 614) – prisotna je tudi pri drugih zelo nalezljivih različicah, kot so različice alfa, beta in gama;[6]
  • T478K[6][26] (substitucija treonina z lizinom na položaju 478);[27]
  • L452R (substitucija levcina z argininom na položaju 452) – povzroči večjo afiniteto konične beljakovine za receptor ACE2,[28] imunski sistem pa virus težje prepozna;[5][29]
  • P681R (substitucija prolina z argininom na položaju 681) – teoretično lahko poveča infektivnost virusa na celični ravni, in sicer s pospeševanjem cepitve prekurzorske beljakovine S v aktivno konfiguracijo S1/S2.[30]

V dednini linije B.1.617.2 mutacija E484Q ni prisotna.[30][31]

Različica delta v Sloveniji[uredi | uredi kodo]

V Sloveniji so prvi primer različice delta potrdili na Inštitutu za mikrobiologijo in imunologijo medicinske fakultete Univerze v Ljubljani v vzorcu, ki je bil odvzet 20. aprila 2021.[32] Različica delta se je med slovenskimi bolniki maja in junija 2021 hitro širila in povsem prevladala ter izpodrinila predhodno močno razširjeno različico alfa.[33] Ostala je prevladujoča različica med slovenskimi bolniki vse do začetka januarja 2022, ko se je začela močno širiti različica omikron.[34]

Sklici[uredi | uredi kodo]

  1. http://www.imi.si/o-institutu/novice/sistematicno-genomsko-opredeljevanje-in-spremljanje-epidemije-sars-cov-2-v-sloveniji-na-institutu-za-mikrobiologijo-in-imunologijo-medicinske-fakultete-univerze-v-ljubljani-rezultati-testiranja-950-vzorcev-odvzetih-med-8.-11.-2021-in-14.-11.-2021 Arhivirano 2021-12-21 na Wayback Machine., vpogled: 21. 12. 2021.
  2. 2,0 2,1 Jr, Berkeley Lovelace (2021-06-18). "WHO says delta is becoming the dominant Covid variant globally". CNBC (angleščina). Pridobljeno dne 1. 11. 2021.
  3. Shang, Jian; Yushun, Wan; Lou, Chuming; Ye, Gang; Geng, Qibin; Auerbach, Ashley; Fang, Li (2020). "Cell entry mechanisms of SARS-CoV-2". Proceedings of the National Academy of Sciences. 117 (21): 11727–11734. doi:10.1073/pnas.2003138117. PMC 7260975. PMID 32376634.
  4. "expert reaction to VUI-21APR-02/B.1.617.2 being classified by PHE as a variant of concern". sciencemediacentre.org. 7. 5. 2021. Pridobljeno dne 18. 6. 2021.
  5. 5,0 5,1 Starr, Tyler N.; Greaney, Allison J.; Dingens, Adam S.; Bloom, Jesse D. (april 2021). "Complete map of SARS-CoV-2 RBD mutations that escape the monoclonal antibody LY-CoV555 and its cocktail with LY-CoV016". Cell Reports Medicine. 2 (4): 100255. doi:10.1016/j.xcrm.2021.100255. PMC 8020059 Preveri |pmc=vrednost (pomoč). PMID 33842902 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  6. 6,0 6,1 6,2 "SARS-CoV-2 variants of concern as of 24 May 2021". European Centre for Disease Prevention and Control. Pridobljeno dne 6. 8. 2021.
  7. "The Delta Variant Isn't As Contagious As Chickenpox. But It's Still Highly Contagious". NPR.org (angleščina). Pridobljeno dne 13. 9. 2021.
  8. Jeromie Wesley Vivian Thangaraj et al. in Journal of Infection (5. 8. 2021). "Predominance of delta variant among the COVID-19 vaccinated and unvaccinated individuals, India, May 2021" (PDF; 470 kB) (angleščina). journalofinfection.com. doi:10.1016/j.jinf.2021.08.006, PMID 34364949, Predloga:PMC
  9. WHO (14. 7. 2021). "WHO Director-General's opening remarks at the 8th meeting of the IHR Emergency Committee on COVID-19 – 14 July 2021" (angleščina). who.int. The Delta variant is now in more than 111 countries and we expect it to soon be the dominant COVID-19 strain circulating worldwide, if it isn’t already. The Delta variant is one of the main drivers of the current increase in transmission, fuelled by increased social mixing and mobility, and inconsistent use of proven public health and social measures. At the same time, we continue to see a shocking disparity in the global distribution of vaccines, and unequal access to life-saving tools.
  10. Talha Khan Burki: Lifting of COVID-19 restrictions in the UK and the Delta variant. In: The Lancet. 12. Juli 2021, doi:10.1016/S2213-2600(21)00328-3 (online).
  11. "Die Prävalenz der Delta-Variante von COVID-19 bei Proben, die in den letzten 4 Wochen sequenziert wurden, überstieg 75 %: WHO". The Hindu. 22. 7. 2021.
  12. Katherine A Twohig; et al. (27. 8. 2021). "Hospital admission and emergency care attendance risk for SARS-CoV-2 delta (B.1.617.2) compared with alpha (B.1.1.7) variants of concern: a cohort study" (PDF; 290 kB). The Lancet, Infectious Diseases (angleščina). thelancet.com. Neposredna uporaba et al. v: |last= (pomoč) doi:10.1016/S1473-3099(21)00475-8, PMID 34461056, Predloga:PMC
  13. Heather Scobie, CDC (13. 8. 2021). "VE against Infection and Hospitalization July vs. Jan–May" (PDF). Update on Emerging SARS-CoV-2 Variants and COVID-19 vaccines (angleščina). cdc.gov/coronavirus. str. 19.
  14. Meredith McMorrow, internes CDC-Dokument (29. 7. 2021). "CDC-Dokument im Original: Improving communications around vaccine breakthrough and vaccine effectiveness" (PDF). Washington Post, 30. 7. 2021 (angleščina). str. 15, 22.
  15. Jeffrey Morris (17. 8. 2021). "Israeli data: How can efficacy vs. severe disease be strong when 60 % of hospitalized are vaccinated?" (angleščina). covid-datascience.com.
  16. WHO (24. 8. 2021). "Weekly epidemiological update on COVID-19 – 24 August 2021 (Edition 54)". Publications/Overview (angleščina). who.int. str. 6. (PDF) “Table 2: Summary of phenotypic impacts of Variants of Concern, Delta: […] Transmissibility: Increased transmissibility and secondary attack rate, Similar transmissibility between vaccinated and unvaccinated individuals.” (F. Campbell et al., 2021; doi:10.1101/2021.07.31.21261387, doi:10.1101/2021.07.07.21260122, doi:10.15585/mmwr.mm7031e2)
  17. Schraer R (4. 6. 2021). "'Nepal variant': What's the mutation stopping green list trips to Portugal?". BBC News. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 19. 6. 2021. Pridobljeno dne 18. 6. 2021.
  18. Acharya B, Jamkhandikar S (23. 6. 2021). "Explainer: What is the Delta variant of coronavirus with K417N mutation?". Reuters. Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 23. 6. 2021. Pridobljeno dne 23. 6. 2021.
  19. Sharma M. "New 'Delta Plus' variant of SARS-CoV-2 identified; here's what we know so far". India Today (angleščina). Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 17. 6. 2021. Pridobljeno dne 16 June 2021.
  20. Spike Variants: Delta variant, aka B.1.617.2 24 June 2021, covdb.stanford.edu, dostop: 1. julija 2021.
  21. "SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions". cdc.gov. Centers for Disease Control and Prevention. 15. 6. 2021. Pridobljeno dne 18. 6. 2021.
  22. "Dedicated 21A.S.478K Nextstrain build". covariants.org. 15. 6. 2021. Pridobljeno dne 19. 6. 2021.
  23. "Expert reaction to cases of variant B.1.617 (the 'Indian variant') being investigated in the UK". Science Media Centre. Pridobljeno dne 20 April 2021.
  24. "Delta (B.1.617.2) - GVN". Pridobljeno dne 27 November 2021.
  25. "SARS-CoV-2 Spike protein (S1, T19R, G142D, del 156-157, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, His Tag) - Genscript". Arhivirano iz prvotnega spletišča dne 2021-11-29. Pridobljeno dne 28. 11. 2021.
  26. "SARS-CoV-2 Variant Classifications and Definitions". CDC.gov. Centers for Disease Control and Prevention. 11. 2. 2020. Pridobljeno dne 15. 6. 2021.
  27. Greenwood, Michael (30. 3. 2021). "SARS-CoV-2 mutation T478K spreading at alarming speed in Mexico". Medical News. Pridobljeno dne 15. 6. 2021.
  28. South, Andrew M.; Diz, Debra I.; Chappell, Mark C. (1. 5. 2020). "COVID-19, ACE2, and the cardiovascular consequences". American Journal of Physiology. Heart and Circulatory Physiology. 318 (5): H1084–H1090. doi:10.1152/ajpheart.00217.2020. PMC 7191628. PMID 32228252.
  29. Zhang, Wenjuan; Davis, Brian D.; Chen, Stephanie S.; Sincuir Martinez, Jorge M.; Plummer, Jasmine T.; Vail, Eric (6 April 2021). "Emergence of a Novel SARS-CoV-2 Variant in Southern California". JAMA. 325 (13): 1324–1326. doi:10.1001/jama.2021.1612. PMC 7879386. PMID 33571356 Preveri |pmid= vrednost (pomoč).
  30. 30,0 30,1 Haseltine, William. "An Indian SARS-CoV-2 Variant Lands In California. More Danger Ahead?". Forbes (angleščina). Pridobljeno dne 20. 4. 2021.
  31. Hoffmann, Markus; Hofmann-Winkler, Heike; Krüger, Nadine; Kempf, Amy; Nehlmeier, Inga; Graichen, Luise; Arora, Prerna; Sidarovich, Anzhalika; Moldenhauer, Anna-Sophie; Winkler, Martin S.; Schulz, Sebastian; Jäck, Hans-Martin; Stankov, Metodi V.; Behrens, Georg M.N.; Pöhlmann, Stefan (June 2021). "SARS-CoV-2 variant B.1.617 is resistant to Bamlanivimab and evades antibodies induced by infection and vaccination". Cell Reports. 36 (3): 109415. doi:10.1016/j.celrep.2021.109415. ISSN 2211-1247. PMC 8238662 Preveri |pmc=vrednost (pomoč). PMID 34270919 Preveri |pmid= vrednost (pomoč). Collectively, our study reveals that antibody evasion of B.1.617 may contribute to the rapid spread of this variant... ...The RBD of the B.1.617 S protein harbors two mutations associated with (L452R) or suspected (E484Q) of antibody evasion... ...Moreover, E484K present the B.1.351 and P.1 variants confers antibody resistance (Li et al., 2021) and one could speculate that exchange E484Q might have a similar effect.
  32. "Indijska različica v Sloveniji že od 20. aprila". Delo.si. 12. 5. 2021. Pridobljeno dne 21. 12. 2021.
  33. "Sledenje različicam SARS-CoV-2 v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano v sodelovanju s Kliničnim inštitutom za specialno laboratorijsko diagnostiko na Pediatrični kliniki Univerzitetnega kliničnega centra Ljubljana" (PDF). Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano (NLZOH). 20. 12. 2021. Pridobljeno dne 21. 12. 2021.
  34. "Poklukar zaradi hitrega širjenja omikrona poziva k delu od doma in omejevanju medosebnih stikov". Rtvslo.si. 5. 1. 2022. Pridobljeno dne 9. 1. 2022.