Legenda pravi, da izhaja ime otočja iz posvetila Ponciju Pilatu, a dejansko je zgodovinarStrabon uporabljal to ime še preden se je Poncij Pilat zapisal v zgodovino. Izvor imena je treba verjetno iskati v grški besedi pènte (= pet, za petero otokov), nato v izpeljanki pèmpten (= po petem), ki so jo Rimljani uporabili v poimenovanju obalnega močvirja, paludes pomptinae, torej močvirje po petem otoku. S časom je pridevnik pontinski prešel v rabo za vso pokrajino in za otočje samo. Pozneje je otočje prevzelo ime po glavnem otoku, Ponza [pònca] (že pod Rimljani Pontia [pòncja]), ki naj bi ne slonelo na grški etimologiji. Zato se danes v italijanščini uporabljata obe imeni, Pontinsko in Poncjansko otočje. Nekateri tuji jeziki so sprejeli eno, nekateri drugo različico.
