Hapag-Lloyd je bil ustanovljen leta 1970, ko sta se združili dve podjetji iz 19. stoletja in sicer Hapag (ustanovljen leta 1847) in Norddeutscher Lloyd - NDL (ustanovljen leta 1856). Leta 1998 je TUI AG iz Hanovra prevzel podjetje Hapag-Lloyd in ga spremenil v svojo podružnico. Leta 2009 je TUI prodal večinski delež konzorciju Albert Ballin.