Palindromsko zaporedje

Iz Wikipedije, proste enciklopedije
Skoči na: navigacija, iskanje
Palindromsko zaporedje v zgradbi DNK
A: palindromsko zaporedje, B: zanka, C: steblo (B + C: lasnična zanka)

Palindromsko zaporedje je zaporedje baz v DNK (npr. ATCGAT), ki se bere v smeri 5'→3' enako na obeh verigah in tako lahko s komplementarnim parjenjem baz nastane struktura zanke.[1]

Dvojno vijačnico tvorita dve sparjeni verigi nukleotidov, ki potekata v nasprotnih smereh (vsaka se bere v smeri 5'→3'). Nukleotidi se vselej parijo na isti način (adenin (A) s timinom (T) v DNK oziroma z uracilom (U) v RNK in citozin (C) z gvaninom (G)). Tako je ena veriga nukleotidnega zaporedja palindromska, če je enaka zaporedju komplementarne verige. Na primer zaporedje v DNK ACCTAGGT je palindromsko, kajti njegov komplement je TGGATCCA in zaradi nasprotne usmeritve da zopet zaporedje, enako izvornemu.

Palindromska zaporedja se pojavljajo tudi v beljakovinah,[2][3] vendar tam njihova vloga še ni pojasnjena.[4]

Viri[uredi | uredi kodo]

  1. ^ http://lsm1.amebis.si/lsmeds/novPogoj.aspx?pPogoj=zaporedje, Slovenski medicinski e-slovar, vpogled: 18. 3. 2012.
  2. ^ Ohno S (1990). "Intrinsic evolution of proteins. The role of peptidic palindromes". Riv. Biol. 83 (2-3): 287–291, 405–410. PMID 2128128. 
  3. ^ Giel-Pietraszuk M, Hoffmann M, Dolecka S, Rychlewski J, Barciszewski J (2003). "Palindromes in proteins". J. Protein Chem. 22 (2): 109–113. doi:10.1023/A:1023454111924. PMID 12760415. 
  4. ^ Sheari A, Kargar M, Katanforoush A, et al. (2008). "A tale of two symmetrical tails: structural and functional characteristics of palindromes in proteins". BMC Bioinformatics 9: 274. doi:10.1186/1471-2105-9-274. PMC 2474621. PMID 18547401.