Etidijev bromid

Iz Wikipedije, proste enciklopedije
Skoči na: navigacija, iskanje
Etidijev bromid
Ethidium bromide.svg
Ethidium-bromide-from-monohydrate-xtal-1971-3D-balls-B.png
Ethidium-bromide-monohydrate-xtal-1971-3D-SF.png
IUPAC-ime 3,8-diamino-5-etil-6-fenilfenantridin bromid
Identifikatorji
Številka CAS 1239-45-8
PubChem 14710
EINECS število 214-984-6
KEGG C11161
RTECS število SF7950000
Oznaka ATC P51AX06
SMILES
Lastnosti
Molekulska formula C21H20BrN3
Molekulska masa 394.294 g/mol
Videz vijolično-rdeča trdnina
Tališče

260 - 262 °C

Topnost (voda) ~ 40 g/l
Nevarnosti
NFPA 704
NFPA 704.svg
0
3
0
 
R-stavki R36/37/38, R46
S-stavki S22, S24/25, S26, S36/37/39, S45, S53
Plamenišče > 100 °C
Če ni navedeno drugače, podatki veljajo za
material v standardnem stanju (pri 25 °C, 100 kPa)

Etidijev bromid (tudi EtBr)[1] je fluorescentno barvilo, ki se pogosto uporablja za obarvanje DNK pri različnih tehnikah, kot je gelska elektroforeza. Po izpostavitvi ultravijolični svetlobi (UV) oddaja oranžno svetlobo, ki se ojača skoraj 20-krat po vezavi na DNK. Glede na vrsto organizma in razmere v okolju, v katerm je sproščen, je lahko mutagen, karcinogen ali teratogen.

Struktura in fluorescenca[uredi | uredi kodo]

Absorpcijski spekter etidijevega bromida
Z etidijevim bromidom se lahko pod UV svetlobo zazna fragmente DNK po ločitvi z gelsko elektroforezo.

Kot večina fluorescenčnih barvil je tudi etidijev bromid aromatična spojina. Osrednja heterociklična molekula je znana kot fenantridin, izomer fluorescenčnega barvila akridina.

Vzrok za močno fluorescenco spojine verjetno ni fenilna skupina, pač pa hidrofobno okolje med baznimi pari v DNK molekuli, v katero se etidijev bromid vrine. Takšno okolje namreč povzroči odcepitev vseh molekul vode iz etidijevega kationa, zaradi česar pridobi etidijev bromid sposobnost fluorescence.

Uporaba[uredi | uredi kodo]

Etidijev bromid je najpogosteje uporabljen za obarvanje dvojnoverižnih nukleinskih kislin, čeprav se lahko obarva tudi enoverižne molekule, saj se te pogosto zvijejo same skupaj v dvojnoverižne strukture, kamor se lahko vrine barvilo. Navadno se detektira DNK z UV svetlobo po gelski elektroforezi na agaroznem gelu. Pogosto se spojino uporablja tudi za zmanjšanje kopij mitohondrijske DNK v proliferajočih celicah.[2]

Pod imenom homidium je bil od leta 1950 pogosto uporabljen za zdravljenje okužb s tripanosomo pri domačem govedu.[3]

Strupenost[uredi | uredi kodo]

Domnevano je, da etidijev bromid deluje kot mutagen, saj lahko zaradi vrivanja med bazne pare deformira zgradbo DNK, kar lahko vpliva na biološke procese, kot sta podvajanje DNK in transkripcija, kar je bilo opaženo pri bakterijah.[4][5]. Po nekaterih podatkih naj bi bili mutageni pravzaprav presnovki (metaboliti) etidijevega bromida, poleg tega pa naj ne bi deloval mutageno v podganah in miših.[6]. Zdravljenje domačega goveda pri okužbah s tripanosomu tudi nakazuje, da toksičnost in mutagenost te spojine nista veliki, pač pa naj bi bil pri višjih koncentracijah celo potencialni kandidat za protitumorski kemoterapevtik[7] zaradi toksičnega učinka na mitohondrije.[8] Koncetracije v laboratorijskih pogojih sicer znašajo od 0,25—1 μg/ml, kar je pod mejo za toksično delovanje spojine.[9]

Glej tudi[uredi | uredi kodo]

Opombe in sklici[uredi | uredi kodo]

  1. ^ S kratico EtBr se označuje tudi bromoetan.
  2. ^ Diaz F., Bayona-Bafaluy M.P., Rana M., Mora M., Hao H. in Moraes C.T. (2002). "Human mitochondrial DNA with large deletions repopulates organelles faster than full-length genomes under relaxed copy number control.". Nucleic Acids Res. 30 (21): 4626–33. doi:10.1515/CCLM.2005.141. PMID 16201894. 
  3. ^ Stevenson P., Sones K.R., Gicheru M.M. in Mwangi E.K. (1995). "Comparison of isometamidium chloride and homidium bromide as prophylactic drugs for trypanosomiasis in cattle at Nguruman, Kenya.". Acta Trop. 59 (2): 257–258. PMID 7676909. 
  4. ^ Waring, M.J. (1965). "Complex formation between ethidium bromide and nucleic acids.". Journal of Molecular Biology 13 (1): 269–282. doi:10.1016/S0022-2836(65)80096-1. PMID 5859041. 
  5. ^ McCann, J. & Ames, B.N. (1975). "Detection of carcinogens as mutagens in the Salmonella/microsome test: assay of 300 chemicals". PNAS 72 (12): 5135–5139. PMID 1061098. 
  6. ^ National Toxicology Program (2005), Ethidium Bromide: Genetic Toxicity., pridobljeno dne 30.09.2009 
  7. ^ M.J. Kramer, E. Grunberg. (1973). "Effect of Ethidium Bromide against Transplantable Tumors in Mice and Rats.". Experimental Chemotherapy 19 (4): 254–258. doi:10.1159/000221462. 
  8. ^ von Wurmb-Schwark N., Cavelier L. in Cortopassi G.A. (2006). "A low dose of ethidium bromide leads to an increase of total mitochondrial DNA while higher concentrations induce the mtDNA 4997 deletion in a human neuronal cell line.". Mutat. Res. 596 (1-2): 57–63. PMID 16488450. 
  9. ^ National Toxicology Program (2005), Executive Summary Ethidium Bromide: Evidence for Possible Carcinogenic Activity, pridobljeno dne 30.09.2009 

Nadaljnjo branje[uredi | uredi kodo]

  • Borst, P. (2005). "Ethidium DNA agarose gel electrophoresis: how it started". IUBMB Life 57 (11): 745–7. PMID 16511967.